陕西秦岭，传闻秦汉之际秦始皇的公子扶苏曾命绝于此。这一日，干导游工作的唐曾带着女友晨曦和朋友汤小唯回家乡游玩。在长途车上，他们邂逅了自称从事环境保护研究的罗平和麦家琪，热情好客的唐曾答应为他们担任导游。 这次旅程似乎注定充满不安。村中的老人告诫这几个年轻人适逢红煞日，千万不能进入林中，尤其是曾留下可怕传说的将死崮。然而阴差阳错，五个年轻人闯入了将死崮，虽然有惊无险走了出来，可是厄运似乎已悄然拉开帷幕。 毒蘑菇中毒事件，让唐曾知晓罗平的真实身份和来到此地的真正目的。传说中的古墓吸引利益熏心的人们走向黑暗最深处……
未来世界，感染了X病毒的恶魔党携带威力强大的赤盾出现在地球各个角落。仅仅是七天的时间，地球一半的领土便宣告陷落。人们流离失所，躲在最后的保留地苟延残喘。国际科学技术厅（ISO）的南部博士（岸谷五朗 饰）发现一种神秘的石头可以赋予特定人群以强大的力量，而力量提升后的超级战士正是阻挡恶魔党的不二人选。在此之后，鹫尾健（松坂桃李 饰）、大月纯（刚力彩芽 饰）、大月甚平（滨田龙臣 饰）和中西龙（铃木良平 饰）等人得到ISO的发掘，经过连番常人难以想象的特训，他们成长为对抗恶魔党的科学忍者队战士。某次战斗后，健的老友浅仓乔治（绫野刚 饰）加入进来，他们奉命去保护恶魔党逃亡过来的头目伊利亚（中村狮童 饰），以期获取Last Suicide计划的详情。 面对这个有着深仇大恨的敌人，健和乔治的内心悄悄发生着变化……
不明飞行物，外星人，黑衣人，政府阴谋和议程。像许多人一样，汤姆·基廷认为这些东西是妄想狂和疯子们的产物，他自己也是个怀疑论者，直到他遇见了斯宾塞，一个真正的黑衣男子，一个精英内幕人士，在临终前在床上揭露了外星人议程的骇人真相。斯宾塞去世后，汤姆被迫向世界透露一个可怕的警告，警告人类即将到来的危险，从一个精英组织，统治人类活动的各个方面。
魔界之王牛魔王（郭富城 饰）与玉帝（周润发 饰）为首的神界展开战斗，神界被毁，女娲（张梓琳 饰）化身晶石修补天庭，遗落下的一小颗晶石落到人间成了一只石猴，而牛魔王则战败被迫带着妻子铁扇公主（陈乔恩 饰）躲到了火焰山。若干年后石猴得到了菩提老祖（海一天 饰）的教导被赐名孙悟空（甄子丹 饰），孙悟空来到花果山自立为王，还抢走了东海龙王（刘桦 饰）的定海神针当武器。同时牛魔王立志东山再起，利用了孙悟空与青梅竹马的小狐狸精（夏梓桐 饰）的感情煽动孙悟空大闹天宫，又串通了二郎神（何润东 饰）一起破坏了南天门，孙悟空势在必得，天庭危在旦夕。
