故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
白巳津川市。 学園都市であること以外になんの特色もない街。 観光客を呼び込もうと町興しに励んでいるが、どれも不発。 しかし、思わぬ形で世間の注目を集めることになった。 ぶっきらぼうな態度をとりがちだが責任感が強く行動力のある頼れる青年。新海翔。 普通の学生らしい平穏な生活を送っていたが、白蛇九十九神社の神器が破損したことをきっかけに、翔の⽇常に変化が訪れる。 その影には、異能に目覚めた少年少女たちの姿があった。 なんの特色も無い街に住む、なんの変哲もない平凡な学生のはずだったが。 異能者たちが巻き起こす数奇な運命に巻き込まれて……。
在2004年以剧场版动画《MIND GAME》夺得过日本文化厅MEDIA艺术大奖，开创国际知名度的他，继2006年推出首部个人身兼原作与监督的电视动画《兽爪》之后，今年4月确定将继续开播这部迥异于前作的“科幻爱情故事”——《カイバ》！
完全不相信妖怪存在的芦屋花绘，某天突然被一个毛茸茸的妖怪缠上，从此“葬送”了平凡的高中生活。
