某天，鱼从海洋中消失了。 水产省启动了很早以前就开始筹划的 “宇宙鱼塘”的试验运用。 尾道设立了“尾道宇宙渔业团”， 并培育出了宇宙渔师。 近年来，随着男女雇用机会均等法的强化， “女性也可以成为渔师”的呼声高涨， 在这种状况下，6名新进宇宙渔师候补生被选拔出来。 舞台是尾道，目标是宇宙。 这是描写以宇宙渔师为目标的6人成长的故事。
动画的故事舞台设定在现代的涩谷之中。主角织田龙平在小学时目击过憧憬的哥哥的神秘死亡现场。现在是高中生的他，早已摆脱了当时的恶梦。和平常一样练着拳击的某天晚上，他被奇怪的生物咬了一口，坠入了一个和平常不同的梦。
美妙旋律第三季故事是发生在第一季的七年以后、第二季的四年以后，美爱等人已经从pretty top毕业并且学有所成。本作将有别于前作，以平行世界的东京、原宿作为舞台，原本只以"流行"及"舞蹈"为比赛中心的内容，更增添了一项新的"音乐"要素，描述一群能感知音乐的颜色、热度和味道的主角们，站上星光舞台达成梦想的故事。 主角彩濑奈露是个只要听音乐就能感受到声音的颜色，想像力丰富的中学二年级女孩，擅长装饰各式小物擅长装饰各式小物，梦想是希望能够开一间如「Dear Crown」那样引领时尚潮流的店。一天，她得知了即将开设的新店铺，将募集会跳三棱镜舞蹈的女中学生作店长。奈露也参加了甄选，并在众多参加者中脱颖而出，一路来到了最终面试。
2045年、歌が禁じられた世界──。 音楽を創造し、奏でることは人間の代わりに 音楽アプリ《MiucS》がその全てを担っていた。 少女?相葉芹亜は友人たちと出かけた先で、 禁じられているはずの歌声を耳にする。 歌声の先で芹亜が目にしたのは、一人のゴーストだった。 この世の外から顕れた偉人──"グレートゴースト"。 霊能力者集団──"ＴＥＲＡ"。 そして響く──"憑依鎮魂歌"。 「これは、私がゴーストになるまでの物語。」
