《打黑重案组》故事发生在南方市，当地的公安局打黑重案组遭遇到一桩棘手案件。在破案过程中，重案组受到各种各样的阻挠，案件侦破几度中断。但公安局长和乾警们不为困难所阻，不顾自己和家人所遭受的苦痛，坚持调查最终查清案情，一举打掉了南方市的黑恶组织。 2006年初秋，滨州市、香港乔氏地产公司驻滨州市项目代表郑天京被人在住所谋杀，他的尸体当晚被埋进了工地垃圾堆中…… 市公安局长陆啸天(卢奇饰)命刑警支队重案组长刘英来(祝延平饰)率重案组成员姚晃(吴樾饰)、依蔓(李依蔓饰)和飞飞(马丁诺饰)赶到案发现场投入侦查工作。重案组严格对死者死亡时间保密，发现死者与龙心集团董事长张伟及其部属有密切联系。张伟出身黑社会团伙，掌控滨州市黑白两道…… 同时，被刘英杰逮捕的杀手大脚(李槐龙饰)从服刑地新疆脱逃，潜回滨州市，被老大张伟窝藏起来。大脚仇视刘英杰，打算干掉刘英杰……重案...
1940年的上海，代号“梅花四”的中共地下党员陈家平执行任务时，在险些暴露的紧急关头，与曾经的未婚妻左双桃偶遇。此时的左双桃已经是国民党军统特工，执行刺杀任务失败，也在寻找脱困办法。彼此不知道对方特工身份的两人，凭借当年的默契应对日本人的严密盘查，最终以情侣身份惊险过关。日本人出于对两人伪装情侣的怀疑，随即逼迫两人结婚，左双桃也将计就计进入商行工作。此后
陈家平一边完成任务，一边应对未能消除的身份危机，还要一边试探左双桃的真实身份！斗争日益残酷，最终家平发现双桃是军统特工“红桃五”，左双桃也发现了家平是中共特工“梅花四”。左双桃通过对两党抗日态度与贡献的深入了解，在共产主义信仰的感召下，最终选择和陈家平一起战斗。他们历经考验，在党组织领导下完成艰巨的任务，一起踏上新的征程。
心医叶平安（刘诗诗 饰）为一桩旧案寻至圣都，因擅用心计，被人视作“巫女”，人人避之不及。大理寺丞元少城（窦骁 饰）出身邙沟贱民区，他冷峻狠戾，时刻抓住机会向上爬。此时，圣都突发命案，一朝廷命官惨死家中。叶平安曾为其治疗失眠顽疾，且正好出现在命案现场，因此被视作杀人凶手。元少城看出此案蹊跷，但仍将叶平安置于死地，以作自己晋阶的“投名状”。可任谁也想不到，叶平安早已在她的复仇之路上，下出了布局的第一颗棋。
号称市局“三叉戟”的崔铁军、徐国柱和潘江海在侦破一起传销案时，发现关键嫌疑人和二十年前一桩凶案有牵连。为了能够彻查案件，三位老警察在郭局的支持下，成立了三叉戟工作室。在徒弟小吕和年轻女干警徐蔓的配合下，老三位协助各警种破获了多起大案、要案，那桩二十年前的疑案也最终真相大白。然而随着调查的深入，三叉戟发现这一切都和一个叫做“青山会”的犯罪集团有关。而这个犯罪集团试图通过“云贸币”这种虚拟货币，垄断市场攫取利益。最终，三叉戟迎难而上，突破重重阻力，终于将这个盘踞平安省多年的犯罪组织“青山会”连根拔除，主犯周茂被捉拿归案。三叉戟再一次保护了平安百姓的生命财产安全。
