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　　在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。
　　初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......

　　原作 XEBEC
　　総監督 能戸隆
　　監督 羽原信義
　　シリーズ構成 冲方丁
　　キャラクターデザイン 平井久司
　　メカニックデザイン 鷲尾直広
　　プロップデザイン 白井瑠子
　　色彩設定 関本美津子
　　美術監督 青木薫(美峰)（デザイン）、小濱俊裕(美峰)
　　撮影監督 青木隆
　　3D監督 井野元英二（CGIディレクター）
　　編集 伊藤潤一
　　音響監督 三間雅文
　　音楽 斉藤恒芳、ワルシャワ・フィルハーモニー管弦楽団
　　音楽制作 スターチャイルドレコード
　　プロデューサー 中西豪（EXODUSはエグゼクティブP）、須藤孝太郎、橋本龍→亀井博司、丸山博雄（エグゼクティブP）
　　アニメーション制作 XEBECzwei
　　製作 FAFNER EXODUS PROJECT、MBS

　　主人公——人类奇诺与会说话的摩托车汉密斯，毫无目的地在世界各处旅行。
　　在世界的各处有着充满个性的国度，人们在与自己相适应的法律与常识之下生活，奇诺与汉密斯造访各种这样的国度，基本上只停留3天，之后便出发前往下一个国度。
　　奇诺与汉密斯的这些旅行故事，时而温柔，时而哀伤，时而滑稽，时而痛彻心扉。这些美丽的故事，将一言难尽的鲜烈光景展现给读者。
　　将“并不美丽，但也正因如此才美丽”的世界展现出来。

　　曾经，泉田准一郎（木内秀信 配音）怀抱着成为推理小说中的名侦探的远大理想报考了警察学校，如今，已经33岁的他，依然只是警视厅里一介小小的警部补。令他怎么也想不到的是，上级的一纸公文，居然就奠定了他从今往后悲惨的生活。这天，他成为了号称“驱魔娘娘”的药师寺凉子（生天目仁美 配音）的部下，这位27岁就当上警视的红发美女，不仅是保全公司的千金大小姐，同时有着超高的智商，此外，凉子高傲的个性和古灵精怪的坏心眼也让同僚们闻风色变。
　　就这样，泉田的奴隶生活开始了，在忍气吞声的同时，他还要防备凉子最大的敌人室町由纪子（桑岛法子 配音）的骚扰。在凉子的身边，发生了一些自然科学无法解释的怪奇事件，凉子和泉田这对“主仆”，为了发掘事件的真相，奔波于城市的角角落落。

　　故事发生在天之御船学园一年级七班内，这是一个十分特殊的班级，这里汇聚的，是背负着“负之业”的不幸少女们。虽然一辈子都没走过运但依然对生活充满了希望的花小泉杏（花守由美里 配音）、陷入了绝对不会有结果的单恋之中的云雀丘琉璃（白石晴香 配音）、体弱多病，常年缠绵病榻的久米川牡丹（安野希世乃 配音）、无时无刻不在迷路中的超级路痴萩生响（山村响 配音）、总是散发着吸引雌性生物的荷尔蒙并因此感到十分困扰的江古田莲（吉冈茉佑 配音）。
　　这些孩子们，虽然各有各自的不幸，但每一天依然努力的生活着，希望能够在不幸的间隙中找到属于他们的幸福。

　　幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。
　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。
　　来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……

　　为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。
　　身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵 配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉 配音），自大而又偏执的人气漫画家岸边露伴（樱井孝宏 配音），围绕在东方仗助身边的，是这些有趣而又强大的朋友和队友们，与此同时，越来越多的替身使者亦接连浮出水面。当罪恶的魔爪伸向杜王町之时，东方仗助愿意以自己的生命为代价，保护这片他热爱的土地。

　　在遥远的莱茵凡王国，王妃诞下了一对双胞胎，可是这对可怜的婴儿自打出生，就背负了残酷的命运。邪恶的教主预言，其中的女婴会在16岁之际成为毁灭世界的可怕存在，因此，刚刚出生的帕西菲卡卡尔苏（折笠富美子 配音）就被下令处决。出于怜悯，帕西菲卡被一对夫妇收养，隐姓埋名的长大。在新家里，帕西菲卡认识了没有血缘关系的的哥哥夏浓卡尔苏（三木真一郎 配音）和姐姐拉克薇尔卡尔苏（大原沙耶香 配音），三人过着平静而快乐的生活。
　　可是，命运不肯放过帕西菲卡，帕西菲卡依旧活着的消息走漏到了教会中，面对着接踵而来的杀手和人们的敌视，在哥哥的保护下，帕西菲卡踏上了逃亡的旅程。随着年龄的渐长，“废弃公主”毁灭世界的预言是否会成真？