嬴政は、函谷関攻防戦で自らの才を証明してみせ、まもなく行われる成人の儀式「加冠の儀」において、国内外に向け自らが「第31代秦王」であることを宣言し、国の実権を取り戻すことを誓う。しかし、中華全土を巻き込んだ戦いは、攻め込まれた秦国も、合従軍に参加した国々にも大きな爪痕を残した。 秦国では、混乱に乗じた内乱を目論む者が現れる。さらには呂不韋が自身の野望達成のための最終段階へと動き出す。 国家存亡の危機を乗り越えた秦国に、新たな波乱の兆しが見え始めていた――。
《战国BASARA》中活跃的武将们，在现代高中再次展开了激烈的战斗：前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分，学园内群雄割据，为争夺新会长之位成为乱世。足球社的王牌“真田幸村”、棒球部的王牌“伊达政宗”，高呼着团结就是力量的“德川家康”，矢志打倒家康的“石田三成”等人纷纷参战——这个混乱的学园，还会有明天吗？
宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。
