小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
距离现在2000年前，第七音素(セブンスフォニム)的发现，行星的诞生至到被消灭的未来都记载在“星之记忆”中。因此各国都为了得到星之记忆，使奥尔多兰特开始战乱的时代。 长期的战争使大地疲乏，产生了有毒的障气。人们就随着懂得读取星之记忆的谱术士尤利亚·乔艾的预言，把充满障气大地封住。 时至今日—— 世界被分为奇姆拉斯卡·蓝巴尔迪亚王国和马尔库特帝国二大国家，保持着短暂的和平。但是真正支配人们的，不是两国的王国，而是守护着尤利亚教训的罗雷莱宗教团的“预言”。
西歷2017年東京上空突然出現謎之侵入者,其目的一切不明,之後人類與稱之為MU的敵人的超兵器戰鬥,世界各國的軍隊均遭到嚴重的打擊,然而在TOKYO JUPITER形成後地球連軍與敵方形成膠著狀態,直到2027年現在MU的潛在危險仍存在著,地球也持續對抗....... 。
冈山乡下出身的樱衣乃为了成为偶像而来到东京，原本憧憬大都会生活的话来到的却是也如同乡下的东小金井。在这里她同一间事务所的没人气的童星‧关野露子，没人气的音乐家‧贯井羽优以及没人气的模特儿‧前原仁菜组成了偶像团体「水果塔」，但是立刻就面临了宿舍即将拆除的危机，为了拯救宿舍她们决定挑战经纪人‧梶野穗步拿来的企划『满溢的水果塔』
大资本家的千金美津子（平野绫 配音）父母双亡，被叔叔一家收养。在叔叔家的生活令美津子深感压抑绝望，因为她知道，他们一直都觊觎着她所继承的巨额财产，希望她尽早死去，为此甚至不惜使出了投毒的卑鄙手段。某天，一个自称二十面相（内田夕夜 配音）的男子出现在了美津子的面前，他告诉美津子自己是一名侠盗，并且邀请美津子加入他的世界和他一起去冒险，美津子毫不犹豫的答应了。 在新的世界里，美津子结识了各种各样二十面相的伙伴，然而奇怪的事情也开始逐件发生，在解开这些事件真相的同时，美津子发现，许多的疑点都指向了“二十面相的遗产”的谜团。同时，一些不知名的危险也在逐渐接近二十面相。
