故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
バンダイナムコエンターテインメントは、本日（3月24日）15時より、『アイドルマスターシンデレラガールズスターライトステージ』において、新作アニメ「アイドルマスター シンデレラガールズ劇場 Extra Stage」のゲーム内配信を開始した。
原島拓也、時村和樹和須賀沼大三名少年机缘巧合地获得了神奇的宝石パワーストーン，并唤醒了勇者机器人ドラン。而ワルザック共和帝国的第一王子ワルター则为了自己的野心而对三人发动了攻击，于是少年们的战斗就这么开始了。
在年糕山上住着一个名叫恰恰（铃木真仁 配音）的见习魔女，对于恰恰来说，与师傅塞拉维（泉类亨 配音），好友利亚（香取慎吾 配音）和席奈（日高法子 配音）一起修行的日子十分的快乐。恰恰拥有一块代表爱的魔法宝石，利用它，在好友的勇气和希望的配合下，即能变身成为法力高强的魔法少女，但这颗宝石为何会在恰恰的手里，这始终是一个谜。 原来，恰恰本是魔法王国的公主，可是，大魔王攻打了魔法王国，将她的父母变成了石像，所幸有塞拉维的营救，恰恰才逃过了一切。得知了真相的恰恰决定在伙伴们的帮助下替父母报仇，就这样，三人踏上了充满着危险的旅途。
自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。
