宇宙历794年，帝国历485年，莱因哈特·冯·缪杰尔年届十八岁，阶级准将。这一年爆发了凡弗利特星域会战。在无能老将们的围绕下，莱因哈特的野心如火般熊熊燃烧起来。 本篇还叙述了蔷薇骑士连队的历史，以及先寇布和叛变的前任队长留涅布尔克的经历。先寇布和吉尔菲艾斯的唯一一次肉搏战对决在本片中出现，后来的宪兵总 监克斯拉也在此出场。
即将开始大学生活的森里萤一面对现实总是很无奈。不仅没有女人缘，根本就是“扫帚星附体”一般的接连遭遇倒霉的事情。 一天，大学前辈外出，萤一独自一人在宿舍看家。这时突然想起要打一通电话，但拨通电话后，却听到这样奇怪的话语：“这里是女神事务所，你有什么愿望我可以帮你实现。” 在萤一还不了解现状的情况下，女神贝璐丹蒂已经出现在萤一的宿舍！不知所措的萤一胡乱说出“我希望你这样的女神能够陪在我的身边”这样的愿望，不想这样的愿望也被女神事务所接受！ 就这样，不喑世事的贝璐丹蒂与森里萤一的同居生活开始了。他们能获得幸福吗？ 根据藤岛康介同名漫画改编的TV版动画第1季。
奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。 在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。 之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。 古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。 虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。 然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。
某天，家里蹲的啃老族绪山真寻一觉醒来发现自己变成了“女孩子”！？正当真寻不知道镜子里的美少女是自己而陷入混乱的时候，跳级进入大学的科学家妹妹绪山美波里出现了。她透露在饮料里加了一种奇怪的药物！ 真寻最近2年一直疯狂宅家玩小黄游，偶尔不得已才会工作！突然成为女孩子开始生活的真寻，对于厕所、浴室、裙子、胸罩等女人的生活完全不懂…并且他和美波里中学时期的同学穗月枫和其妹妹穗月椛认识。 真寻的日常生活逐渐热闹起来。在持续的苦难中，“前”哥哥的命运会如何...！
