导游事业屡屡不顺的光头强偶然捡回丢失的缩小手电筒，为吸引游客他建造了一个微观乐园。正当他带着缩小后的两熊去体验微观乐园时突遇暴风雨，缩小手电筒意外丢失了……
小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
矿奴之子李渡转职失败后，意外觉醒独特的“永生”天赋，能够通过击杀野怪抽取寿命，利用这一能力他在命神殿用寿命兑换转职书、技能书等资源，从最垃圾的基础战士逐步进化为传说级深渊之主，掌握“大天使之惩戒”、“万剑归宗”等强大技能，在职业者大赛、深渊战士考核等重大事件中表现卓越，最终从社会底层逆袭成为顶级强者。
在水果江湖中，武术是最受人追捧！其中更以果宝大侠橙留香、菠萝吹雪、陆小果成立的正教最让人瞩目。三人号称果宝三剑客，在水果江湖行侠仗义，锄强扶弱，受到万民崇拜。但就在正教三周年庆祝会上，四大恶贼横空出世打败三剑客，将正教改为歪教，并四处铲除其他教派，抓捕村民，将水果江湖搅得民不聊生。 为解救民众和重现正教，在江湖奇人疯清扬暗中帮助下，三剑客打败怪兽得到神兵升级机甲，一路向着四大恶贼的所在地进发，在途中更与上官子怡、小果叮、夜燕等人共同经历了一段段嬉笑怒骂，热血搞笑的故事。而一次次的苦战，就是一次次成长，凭着百折不挠，永不放弃的心，三剑客终于打败四大恶贼，重回巅峰。 当三剑客以为危机解除，未曾想四大恶贼的幕后主使东方求败出现！面对企图颠覆水果江湖的东方求败和四大恶贼，三剑客与疯清扬等人与他们在七界山莲花处展开了一场惊天动地、事关水果世界存亡之战。最终，三剑客等人与东方求败和四大恶贼同归于尽，用生命守护了水果世界。
在一个美丽祥和的海岛上，有一群健康可爱的蔬菜，大家在萝卜村长的带领下，过着幸福而又快乐生活。可是神秘邪恶的基因博士在入侵了世上大部分地区后，将下一个目标瞄准了蔬菜家园，他派遣了一群变异动物去对付蔬菜们。阳光正义的小番番，善良可爱的洋葱美眉，无厘头爱恶作剧的萝卜特，脾气火爆的火辣辣，超级大吃货小胖豆……蔬菜们将使用各自神奇的技能，反抗动物们的入侵和破坏，保卫自己的家园。
