晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
故事发生在森林边上一个充满欢乐氛围和魔幻色彩的兔子小镇中，故事主角是一只聪明活泼、善于思考、渴望创新的小狐狸，他从小被一只充满爱心的老兔子收养，从此生活在兔子小镇。和小狐狸做伴的是一只同样聪明伶俐的小蜘蛛，兔子小镇上还有严肃古板、认真负责的兔子“老镇长”，有任性可爱、脾气泼辣的兔子“小公主”，有四肢发达、头脑简单的兔子“门牙王”，还有其他一群个性鲜明、各具特点的小兔子。小狐狸和大家都有一付助人为乐的热心肠，喜欢用自己的知识和创造去改造兔子小镇，为大家排忧解难，共同建设美好和谐的家园。
红龙和铁龙的血脉在我体内交织融合，烈焰与钢铁是我与生俱来的天赋，适应与进化是我证就永恒的权能。弱者顾虑重重，而王者，百无禁忌。凡是杀不死我的，都将使我更加强大。在我面前，跪伏者生，站立者死。若整个世界与我为敌，我便以一龙之力燃烧这个世界，然后统治它的灰烬。吾名伽罗斯，吾名——永恒不灭之龙！
这是一个充满了混乱的世界，普通的警察已经无法应对发生在此的骚乱和危机，因此，一种名为“武侦”的职业应远而生，从业人员可以在法律所界定的范围内通过任何手段包括武力来解决麻烦。武侦高中便是专门为培养此类人才而设立的专科学校。 远山金次（间岛淳司 配音）是武侦高中里的一名平凡男生，他就读于侦查科，成绩属于最低等的“E”级。然而，金次有着不为人知的特殊能力，那就是在亢奋状态下，他的所有能力都会以30倍的数值快速增加，这种能力曾经为金次惹过不少的麻烦，因此他宁愿将其隐藏起来，做一个不起眼的普通人。一场突如其来的爆炸让金次结识了名为亚里亚（钉宫理惠 配音）的超强少女，金次的命运因为这次相遇而发生了翻天覆地的变化。
承接上一部的故事，杨来西依旧为抗日事业贡献着他的力量。杨来西带领抗日小分队，积极为新四军运送物资，刺探情报。利用情报，新四军在江边夜战取得了全面胜利。杨来西为一个伤兵送信到浙东抗日根据地，让马队长提前知悉了日军的阴谋，想出“空城计”吓退了日军。加入新四军后，杨来西跟随杨队长参与作战，成功击杀准备潜逃的日本军官。后来，杨来西跟随浙东游击纵队通过红色通道北撤，他发誓，一定要将日本鬼子赶出中国。
本片讲述了心地善良的皇女艾丽婕为了救伙伴从天界跌落到了海底世界阿拉德大陆，由此经历了一系列令她快速成长的冒险事件，并收获了亲情与友谊。最终她克服重重困难，战胜了怯懦，勇敢背负起最高祭司的责任，成长为人人爱戴的天界女皇。
