《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
最近大反派羚羚羊研发了多个克隆羊在小镇上实施各种新型诈骗。每个克隆羊的出场都是一次新的行骗方式，看啦咘啦哆警长如何一一识别侦破，把罪犯捉拿归案。小镇居民的防诈骗意识也得到了大幅提升。
三界皆惧的隐族尊主禾莞突袭天庭，上神南泽迎战，种玉小仙虞之瑶为保护南泽，舍命相救，与禾宛玉石俱焚之际意外重生，阴差阳错虞之瑶重生入了禾宛之体，重生后的禾宛隐之力大损，西海隐卫听昭前来帮助尊主禾宛恢复隐之力，之瑶自此被迫开启了双面女尊之路，人前佯装威严，君前娇俏可人……
少女彭涞在旅游中误入一个神秘的洞窟，里面藏着中华古籍《山海经》。彭涞好奇地取下《山海经》来阅读，不料因此解开了书本的封印，山海经中的各种奇妖异兽从书中跑了出来。为了平息这场骚动、并将山海经还原，彭涞踏上了回收山海兽的旅程。山海兽们跑出书本后，在世界各地肆意捣乱，闹得城市鸡飞狗跳。彭涞巡游各地，努力回收各个动物。鸟兽们自然不愿意乖乖返回经书，每次双方都要经过一番战斗。回收的山海兽可以供彭涞召唤并借用其能力，其中一部分山海兽更是变成了可靠的伙伴。最后彭涞成功回收了全部山海兽，挽救了现实世界，回到父母身边的彭涞变得更加坚强自信。
