神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
身怀两大道体，却因无灵根启发灵体的东方少鸿，被同族耻笑，甚至被未婚妻背叛。困难接踵而至，东方少鸿之父因掌握进入苍玉仙府的秘密而身陷囹圄，被仙盟所困。在宗族危难之际，东方少鸿意外用自己的血激发了体内的仙源道石，击退仙盟，挽救宗族于危机之间。举步维艰之际，东方少鸿幸得其父的好友季胤真人相救，拜入缥缈宗得以庇护。缥缈宗上，太阴山涧，东方少鸿拼力修炼的同时，却因身怀冥族暗夜道体被视为人族异类，不断遭受同门挑衅。东方少鸿意识到，只有自己足够强大，才能救得父亲脱困，为自己正名，戳穿仙盟的阴谋。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
本片是以现代学校背景为主，讲述主角甜丝丝和朋友之间在校园发生的趣事，喜欢新科技的华伦时常为同学带来新奇的玩意，学校王主任为培养大家的独立能力组织去海岛露营，为丰富校园生活而举办的厨艺比赛等等一系列小故事。主人公们通过对生活的体会，认识到朋友的真正意义。该剧隐含丰富的教育意味，但没有陈腔滥调的说教。主角甜丝丝、心柔柔、华伦、白米饭（武状元）各有各的性格特点，活泼可爱、顽皮好玩，他们有个共同的特点，就是善良乐观、不惧困难，正是现今小朋友学习的榜样。让小朋友跟甜丝丝等一同成长，一同经历，学习如何从失败中再次爬起，勇敢面对未来。让小朋友能跟甜丝丝一同成长，一同经历，学习从失败中再次爬起，勇敢面对未来。
