《饼干警长》故事发生在一个神奇的食品王国，王国里居住着各种各样的饼干人，他们单纯而善良，快乐地生活着，不按常理出牌的饼干警长与慢性子助手曲奇警员是王国的守护者，他们与妄图夺取王国统治权的霉脸大盗一伙斗争到底，在饼干城里展开了一系列有趣的警匪故事。
主人公林初本是身世显赫的富家之子，但其父母却突然无故失踪，家族公司也被其父亲的前助理所强占，就连他从小住到大的别墅也被突然出现的所谓债主所霸占，于是他只能暂时去到位于郊区的林家老宅中居住。然而，来到林家老宅的林初，却奇异地发现老宅院落中的一座盆景中突然传来神秘的人声，接着他意外进入到了盆景之中，发现了被封印于盆景内的仙山以及仙人——玄清祖师。玄清祖师发觉林初身上有激发封印的能力，于是决定收其为徒，传授其修炼之法，以帮助自己冲破封印。与此同时，玄清祖师为了报答林初，也答应教授其一些技能，以助其调查其父母失踪事件背后的真相。林初同意了天玄祖师的要求，自此踏上了修炼之路！
老是喜欢说心里话的真纪，因为这个习惯导致了他被上家公司开除后，去了开在居民区楼下的阳光咖啡厅面试工作。在那里遇到了有些中二的光头老板、视钱如命的四眼同事、头脑简单但充满友爱的大块头同事、以及特别记仇的阿扎莉。在这里，不单单只有他们，还有一些特别的顾客，大家一起快乐、一起成长，发生着各种眼泪与欢笑并存、感动且温暖人心的日常故事。
故事围绕多个角色的情感纠葛与家族矛盾展开，主要情节包括宇浩与梦媛的童年回忆与情感冲突、刘奶与晴天的收留与矛盾、以及梦媛母为利益干涉子女关系等复杂人际关系。剧中包含大量家庭伦理、爱情和商战元素，人物关系错综复杂。
在兽型战士的联合攻击下，幕后黑手巴罗坠入了黑暗之门，猪猪侠和小伙伴获得了国王的嘉奖，人类与怪兽握手言和，童话世界恢复了和平。然而，巴罗并未丧生，他在黑暗之门获得了黑暗势力的支持，变得更加强大。巴罗接受了“摧毁童话世界”的新使命，不仅毁掉了五灵锁和怪兽研究社，而且其真实身份曝光后，兽型战士也陷入了难以抉择的境地，童话世界岌岌可危。失去了五灵锁的兽型战士们该何去何从？得知真相后，猪猪侠是否还能坚持战斗？危险正在靠近，信念正在动摇，童话开始崩塌，新的力量正在崛起……
