神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
很久以前，智慧老人用神奇的科技手段创造出一对机器人——海尔兄弟，甚至不惜牺牲自己的生命以赋予这对兄弟灵性。为解决人类面临的灾难，拯救地球，揭开无尽的自然之谜，海尔兄弟与他们的朋友从太平洋出发，踏上环游世界的征程。从太平洋到北极，穿越五大洲，终于通过古代丝绸之路来到中国，一路上，海尔兄弟曾用热气球帮助火山岛居民脱险，在穿越大洋时战胜过疯狂生长的马尾藻，打败了飞蟒与海盗，拯救过土著小孩，经历过红海、死海的考验，也遭遇过喀斯特地形的作怪。终于，海尔兄弟来到中国，开始了他们梦寐以求的对中华文明的探索。
紫殿学院校长皇尚跟亲生女儿甜丝丝失散多年，日夕思念，终在机缘巧合下重遇丝丝，皇尚大为安慰。久别重逢，皇尚对丝丝宠爱有加，事事以丝丝的喜好为大前提。丝丝可爱聪颖，活泼天真，惟自小缺乏严父的督促，加上于低下层的生活环境影响下，沾染了不少恶习，有欠淑女的风范。皇尚身为城中名校的校长，为不少家长栽培出色的子女，皇尚也决心把丝丝重新教导成一个品学兼优、高贵优雅的淑女。 丝丝天性好玩，而且早已习惯自由自在的生活，于必须规行矩步的校园中做出不少捣蛋惹笑的行为，为严肃的校园带来了新气象。丝丝在学校认识了几位好友心柔柔、华伦和武状元，好友们的性格各有特色，亦各有长短，四个小孩走在一起，一同学习，一同经历，为平淡的校园生活加添了不少欢笑。
有这样一个世界，万千大陆像浮岛一样漂浮在宇宙中，它们之间只能靠银河带相连。银河带无时无刻不在移动，进入银河，很可能再也回不到原来的世界。 一名旅行者与一位厨师在此相逢，他们背着一本大食谱，穿越条条银河，展开了一场奇幻的美食之旅。悬挂于空中的透明鱼卵，沉淀在谷底的长生浆雾，藏在石头中的巨虾，能够触碰的绚烂极光……
