晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
拥有着7000年历史的萨格大陆继续风起云涌。立志要做最伟大魔晶猎人的小裁缝千瑞，在魔晶学院不断卷入阴谋的漩涡。一步步接近真相的代价竟然是要牺牲自己无比信任的朋友和恩师！徘徊在绝望中的千瑞和他的伙伴们到底该何去何从。
在人类生活的世界里，存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古。纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成，他们将人类世界称之为“大方块”。10岁的小学生包小龙，大方块的一名小学生，然而他天生就有点不同，常常把老鼠、蟑螂等动物们看成可爱的小精灵。小龙的异常得不到家人的理解，更被同学和小伙伴们排斥。有一天，一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里，他开始听得到小精灵们的心声。精灵们不断涌现，惊呼小龙就是“那个人”黄金龙的精灵师。正当小龙迷惑不解时，他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信。
扶持徒弟登上女帝之位后，成为国师的萧玄决定进军龙炎上国，参加国运大战，没想到卷入了权力斗争的阴谋之中……无论这阴谋背后的主导者是谁，就算是龙炎上国第一人，也一剑破之！面对重重迷雾，萧玄以其无畏之姿，一剑破万法，誓要粉碎一切阴谋诡计，守护心中的那份正道与清明。
猪猪侠在一次怪兽侵袭事件中，阴差阳错激活了迷糊老师祖传的五灵锁，将五灵王转换成了能量，使自己获得了变身成铁拳虎、神木猿、冰封鹿、火焰鹤与石甲熊的超凡能力。
在浩瀚的宇宙中，有一个人类、机器人、外星人共同生活的地方，叫“星星球”。某天，灰心星球的宇宙开发公司派出了两大王牌战士“大大怪将军”和“小小怪下士”并携带着拥有强大力量、赋予机器生命和智慧的终级武器——五色神奇宝石，想强行占领“星星球”，可是，当他们冲进大气层时发生了意外，除了黑色宝石外，红色、粉红色、绿色、蓝色宝石都散落到星星球。在星星球上有一位天才的机械师——宅博士，在维修垃圾电器时，四台旧机车刚好遇上了四颗宝石，在无意中激活了它们；从此，开心超人、甜心超人、花心超人和粗心超人诞生了。他们在宅博士的带领下，一次又一次地挫败了侵略者的阴谋，保护了“星星球”。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
