晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
各怀绝技的“憨八龟、白精灵、铁甲小子、宝宝熊、百丈跳”组成了“垃圾拯救队”，援救被骗至地球的费沙星球王子——星际流；为了破坏和平，地球首相井上雄命令鹰明教授不断研发“变兽特战队”一路追踪垃圾拯救队，企图抓捕星际流。垃圾拯救队为了保护星际流与“变兽特战队”展开了一次次激烈的战斗，而星际流却并不完全信任憨八龟他们。在“变兽特战队”的追捕下，憨八龟和伙伴们穿越了中国和世界各地的历史文化古迹。体现了坚不可摧的团队精神和难能可贵的正义感。
在宇宙纪年16902年，浩瀚的宇宙中有一颗”阿德里星”，在那里发现一份威力奇大的特殊能源，为宇宙其他星球所觊觎，几方势力争夺不休。为防止给”阿德里星”带来灾祸，”阿德里星”的历代战神在“地星”建造了一个深海迷城，把能源埋藏其中，更将开启海底迷城的钥匙分成五块碎片，设下五大谜题以阻挡邪恶之人。 4000年以后，现任战神---伽罗和好朋友小心超人为追捕盗窃的怪兽，被引到这个“地星”，还卷入了一件“神秘湖水怪事件”中。期间，他们结识一个正在神秘湖寻找失踪朋友的少女莉莎，并一起解决了水怪之谜。然而，伽罗却发现这一切和阿德里星有千丝万缕的关系，于是，大家踏上了调查五大谜题之旅。
巨兽时代来啦！这一季里，小咖率领咖宝勇闯恐龙时代破解时空错乱之谜，携手原始人拯救化石危机，雪山勇斗捣蛋小队守卫超级能源，带领动物大迁徙逃离生存危机，勇战狡猾的外星人保护地球和家人
女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印，美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中。 在「山外山」旅程后，「神兽之乡」的旅程又拉开帷幕。问天等人来到神兽学校修炼，居然卷入了一场布偶战争之中——布偶王子想让所有神兽变成木偶！可是经过详细的调查，发现外表邪恶来自于布偶乐园的布偶王子，竟是宽容与纯真的兄弟！幕后主使的坏蛋三兄弟和盖世太保（把宽容等人的三兄弟分散的邪恶神兽）在布偶王子背叛他们后趁机绑架布偶王子！他们一行人又怎么克服此次困难呢？
