东京24区

　　椎名亚树（喜多村英梨 配音）因为外表的缘故，常常被人误认为是女孩子，这让他非常的苦恼，十分希望增加一些男子气概。为了培养自己独立生活的能力，升入初中后亚树独自前往东京，住进了春原庄，开始了一个人的生活。
　　成熟稳重温柔贤惠的春原庄主人春原彩花（佐藤利奈 配音）、活泼开朗有时有些活泼过头的春原菜菜（佐仓绫音 配音）、拥有超高人气的学生会会长雪本柚子（高森奈津美 配音）、虽然看上去十分冷漠但实际上对可爱的东西完全没辙的月见里堇（濑户麻沙美 配音）、整天笑嘻嘻但内心里的想法无人知晓的风见百合（宫本侑芽 配音），在这些姐姐们的陪伴下，亚树真的能够成长吗？

　　西条拓己（吉野裕行 配音）是一个标准的废柴，个性懦弱又不负责任的他住在集装箱里，每日除了上课外都宅在家里玩网络游戏，深深沉迷与二次元世界的他认为一切三次元的都与他无关。此时的涉谷地区，正在发生名为“New Gene”的连续猎奇杀人事件，以被害者死状惨烈而臭名昭著。一日，拓己在网络聊天室里遇见了一名自称将军（代永翼 配音）的神秘人物，将军用津津乐道的口吻预言了下一次的猎奇杀人事件始末，并且传来了血腥暴力的现场照片。
　　一开始，拓己只当其是恶作剧者不予理会，但数日后，将军所预言的一切都成为了现实。拓己偷偷潜入犯罪现场，撞见了浑身是血眼神空洞的女生咲畑梨深（喜多村英梨 配音）并认定她就是杀人凶手。但不久之后，梨深却又以昔日老友的身份出现在了拓己面前。凶手究竟是谁？将军的真实面目是什么？在现实与幻想之间，拓己混沌的头脑要做出一次又一次的关乎于性命的选择。

　　故事发生在位于千叶县的立总北高中内，小野田坂道（山下大辉 配音）是一名彻头彻尾的御宅族，沉迷于二次元文化之中。在小野田的整个初中时代，他都没有能够找到志同道合的同好，因此他做出了一个决定，那就是一定要在高中加入动漫社。哪知道动漫社因为人员不足而解散了，这让小野田好不容易燃起的斗智宛如浇了一盆冷水。
　　一次偶然中，小野田骑着自行车爬坡的姿态被骑行社的今泉俊辅（鸟海浩辅 配音）看到了，今泉是一位经验非常丰富的自行车运动员，从初中时代起就开始参加各类比赛，在小野田的身上，今泉看到了过人的骑行天赋，于是决定游说他加入骑行社。

　　2100年,人类建立起了比较完善的社会系统,在此基础上,人类开始了向外宇宙进发的计划.正在这种扩张欲望开始无限膨胀时,没有人预料到一直隐藏在微观世界中的一种被称为RYNAX的物质出现了,这是一种希望拥有更广阔空间的物质,它一旦"溢"出,不把整个空间填满不会停止侵袭,而且它会将所有遇到的物质转化为原子,如果RYNAX"溢"出人类世界,后果将不堪设想
　　
　　天箕博士是一位量子物理学家,他和他的研究队伍在进行一次原子撞击试验时,突然有两束光芒从试验装置中射出,并且击中了来参观的天箕博士的女儿クラウ(12岁).女孩的身体被当场分解,而后又在光芒中重新恢复成人形.博士赶忙停止试验确认女儿的安危,但眼前的クラウ却说出了"我名叫RYNAX"
　　
　　故事会从试验事故10年后开始,博士的女儿クラウ凭借寄宿在体内的神奇力量成为了暗中维护社会治安的特别谍报员中的佼佼者,但22岁那天,クラウ的体内出现了一个被她自己称呼为"对"的女孩,还保持着クラウ12岁的形态.更有组织对クラウ的奇异功能发生兴趣,想方设法劫持她.
　　
　　故事设定本身涉及了很多微观世界的理论,估计意欲借微观世界中向往外部广阔世界的RYNAX映射出人类自身的问题.

　　住在天空与海洋辉映的城镇“藤泽”的梓川咲太，就读高中二年级。
　　他与既是学姐又是恋人的樱岛麻衣所度过的令人雀跃的日常，随着初恋对象牧之原翔子的出现而改变。
　　不知为何，存在着“中学生”和“大人”两个翔子。
　　出于无奈开始和翔子住在一起的咲太，受到“大人翔子”的捉弄，和麻衣的关系也变得尴尬。
　　此时，“中学生翔子”身患重病的事实被发现，咲太的伤痕开始隐隐作痛——。

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　1989年，日本。
　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。