一个现在还存在着忍者的世界中，现代忍者的雇主，是政治家、大企业的干部们。持有强大权力的人当中，有著一些将忍者当作满足自己欲望的道具的人存在。为了对抗这些在黑暗中的“恶忍”，政府开始执行了某个计划―“善忍”―也就是养成属於国家的忍者的秘密计划。为了养成“善忍”而成立的机构，“内阁特务谍报部一课付特殊机密谍报员养成所”，通称、忍学科。在拥有一千名学生的名门升学学校“国立半藏学院”中，不为人知的内面。为了与邪恶战斗，“善忍”们奉献自己的青春，正在“国立半藏学院”忍学科中就读的五名少女，鼓起勇气与恶忍战斗。五位女忍者性格各异，她们分别是飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀。
即将废社的时濑高中筝曲社。来到只身一人的社长面前的是不良少年和他的朋友们，以及古筝的天才少女。各自各自的古筝之乐所编奏的青春学园物语——
故事讲述了一位职业工口小说家兼高中生芥川丈途进入了私立高中闪学园，并遇到了多位性格强烈的学生，在各种危机中与这些同学同心协力共同进退，是一个充满了欢乐搞笑又擦边球满载的校园故事。
