工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀老师（福山润 配音）的关系进一步拉近。虽然暗杀活动仍在继续，然而这似乎已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫 配音）为代表的学生们又开始策划更加精彩的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静 配音）追求乌间惟臣（杉田智和 配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美 配音）卷土重来，而神秘的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天逼近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙…… 本片根据松井优征的超人气漫画改编。
在人类的心理状态和性格倾向都能被数值化的未来。所有的感情、欲望、社会病态心理倾向等全部被“西比拉系统”记录并管理，大众以“好的人生”作为目标，竭力于数值性地实现它。 所有的监控摄像头都已经被升级和联网到一体，通过监视人类的色相浑浊程度和声音、视频等信息用来计算人类的每个心理状态和个性倾向所衡量的值，通称：（即片名：心理测量者PSYCHO-PASS），它被用作判定人们的思想应有PSYCHO-PASS状态、个人精神本身。通过计算这些数值，系统可以自主断定一个人最理想的工作，感情，心理压力，甚至犯罪意图。 因此，为让大众达到“理想的人生”这个指标，人们实现这些数值就变得非常积极。然而，有关犯罪的数值，也就是“犯罪指数”也会被测量，当然犯罪者亦是如此。因此，人们需要不断地保证自己的指数在正常范围，否则会被系统认为是潜在犯，将会被"矫正"。 而同在监视下维持治安的工作的刑警被分为抓捕犯人们的行动部队“执行官”、以及监视指挥执行官们的“监视官”一起合作执行任务。优秀的“执行官”自身就有着相当高的犯罪系数，从矫正设施挑选出来除了当执行官别无其他选择，但正是因为这样才能够接近犯罪根源。因为“执行官”也有着可能孕育成犯罪者的危险倾向，所以就需要对搜查行动有着冷静的判断力的精英“监视官”来监视。 安全局刑事课第一分队的成员各怀想法，虽然发现自己的所作所为常常会与真正的正义相悖却不得不在监视下继续执行任务。同时在处理案件时正在一步步地发觉和探索管理人类这些数值的系统——西比拉系统的真面目。他们所面临的彼岸将会有着什么？
由于残忍的分尸杀人事件频发，世界各地人民陷入一片惶恐不安之中，然而元凶却是人类未曾意料到的“寄生兽”。这些寄生生物的幼虫侵入人类或动物身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，能够迅速吸收掌握人类知识，而它们的食物便是寄生体相同的物种。 普通高中生泉新一（岛崎信长 配音）某天被一只奇怪的虫子侵入身体并吞噬了右手，自此他不得不与寄生生物“右”共存。本性正直善良的泉新一不敢将这一变故告诉家人和朋友，然而他喜欢的人村野里美（花泽香菜 配音）似乎留意到他身体的变化。为了被寄生生物杀死的亲友以及所有人类的未来，泉新一决心与其他完全体寄生兽进行殊死搏斗。
故事发生在未来的世界之中，彼时，人类已经可以在日常生活中使用少量的魔法月白瞳美（石原夏织 配音）是拥有着魔法使血统的魔族末裔，虽然能够使用魔法，但是在生活里月白一直都对此十分回避。月白自幼患有色觉障碍症，无法看到颜色，生活在黑白世界中的她因此性格也十分的压抑和冷漠。祖母非常担心月白的未来，于是施法将她送回了2018年的长崎。 在60年前的长崎，月白遇见了还是高中生的祖母琥珀（本渡枫 配音），更让月白感到惊讶的是，自己眼前的世界竟然变得绚丽多彩起来。热衷于画画的葵唯翔（千叶翔也 配音）、温文尔雅的山吹将（前田诚二 配音）、开朗乐观的川合胡桃（东山奈央 配音），在这里，月白很快就交到了朋友。
这一天，三姐妹家来了一位从小岛上来的客人，一个与三妹年龄相仿的外国小男孩祖尔，还有一直奇怪但是满可爱的小动物，有一点象北欧神化里的龙，大概是他的宠物吧。小男孩带来一封信，邀请三姐妹到太平洋上印尼附近的一个岛国巴鲁去，因为所有的花费都不用她们出，于是三姐妹和祖尔一起踏上了往遥远南方小岛的征途。谁知到了那里，才知道巴鲁是一个很小的岛岛上，岛上的居民还过着相当落后的生活。他们的大哥旅行到了岛上，被岛上的神“里奥兰卡”选为了国王，可是前不久独自出海后就再没有回来，现在兰卡要在三姐妹中选出一个新的王，而且兰卡会跟随着王，无论到哪里。三姐妹当然不相信这么离奇的话，可是当她们被带到一个古老的遗迹前时，小岛之神里奥兰卡巨大的身躯从地底冒了出来，三姐妹不得不相信眼前的现实。之后三姐妹又回到了日本，随后兰卡就从小岛上消失了。于是就发生了一开始兰卡大闹东京的一幕。 经过一场风波，日本政府决定把海原家划为巴鲁国的大使馆，兰卡作为国王的私有财产受到法律的保护，三姐妹的生活从此不再平静，更另人担心的是隐隐之中一个叫“虚神会”的神秘组织好象在幕后搞着什么阴谋。
