藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
故事发生在上野公园内，这座表面上看起来平平无奇的公园内，其实隐藏了一个小小的正义团队“COLORS”，而团队中的成员，均为可爱活泼的小学女生。为了守护上野的和平，赶跑企图策划阴谋的坏人，三个女孩每一天都在努力着。 结衣（高田忧希 配音）是COLORS的领队，拥有着凝聚人心的气场。虽然平日里是个性格十分胆小的好哭鬼，但一旦被惹怒，便会展现出非常恐怖的一面。小幸（高野麻里佳 配音）的家中经营着一间蔬果店。做事咋咋呼呼的她是身体比头脑先一步行动的类型，常常因此而惹出笑料。琴叶（日冈夏美 配音）是一个沉迷于游戏的宅女。
五十岚抛弃过去，为了逃离社会而移居鹿儿岛县“トカラ列岛”。在被称为“日本最后的秘境”的“火之岛”相遇的，是岛上唯一的中学生とんぼ。天真烂漫的少女，隐藏着意想不到的高尔夫才能！？以这次相遇为契机，两人的命运发生了很大的变化…。
半决赛・大洗女子学园 VS 继续高中的激烈赛事展开！ 然而大洗女子学园在赛事一开始便失去鮟鱇队这张王牌，陷入前所未有的困境。面对步步进逼的继续高中，余下成员能否扭转局势！？ 另一方面，黑森峰女子学园 VS 圣葛罗莉安娜女子学院的对决亦愈演愈烈！ 黑森峰的队长・逸见艾丽卡，将以自己独特的战车道，迎战劲敌圣葛罗的队长・大吉岭！ 一秒都不能错过的两场赛事，到底谁可得到决赛的入场券！？
常夏の孤島?青藍島（せいらんとう）。 この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに 妹?橘麻沙音と共に帰島することになった。 しかし青藍島は人口減少に待ったをかけるべく施行された ドスケベ条例によって、島中どこでもドスケベセックスが 許可?推奨されており、「性産的行為」を拒否すると 犯罪に等しい処罰を受けることになってしまう狂気の島であった。 誇り高き童貞にして処女厨であった淳之介はこの条例に疑問を持ち、 自身と愛する妹の純潔を守るべく、 反交尾勢力?NLNS(No Love No Sex)を立ち上げ、 ドスケベ条例の破壊を目指して動き始める――！ 「俺が…ドスケベ条例をぶっ潰す！」
正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。 与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？ 这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人，因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际，突然出现了一个神秘的变装人物，给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹，柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前，安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。 然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……
宇宙历794年，帝国历485年，莱因哈特·冯·缪杰尔年届十八岁，阶级准将。这一年爆发了凡弗利特星域会战。在无能老将们的围绕下，莱因哈特的野心如火般熊熊燃烧起来。 本篇还叙述了蔷薇骑士连队的历史，以及先寇布和叛变的前任队长留涅布尔克的经历。先寇布和吉尔菲艾斯的唯一一次肉搏战对决在本片中出现，后来的宪兵总 监克斯拉也在此出场。
