神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
现代都市被“暗魔”入侵，诞生了一批又一批的勇者在保护着这个地球，但唯独阿强因为能力不足无法当上勇者。在一次作为“清理者”清理副本洞的时候，收获了一枚神秘的戒指，无意带上戒指的阿强瞬间穿越到异世界，开始了他的冒险之旅。
故事叙述阿空、阿静、阿能、阿震、阿风和杨一击等六位个性迥异的年青人，在曾受过军事训练的唐少校、柯娜和福伯带领和帮助下，互相融合、互相接纳、彼此学习，逐渐成长为拥有强大的爱心、超凡的意志及守护正义的能力的有为青年，组成了团结勇敢、战无不胜的“巨神战击队”。 六个年青人运用各种高科技神奇力量去对抗想要破坏并占领地球的邪恶势力，他们不断地迎接一次又一次挑战，不断地在战斗中学习成长，在历经无数次艰难险阻之后，最终在大家团结齐心的不懈努力之下，战胜了邪恶力量，保护了地球的和平。
开宗收徒，返还亿万
期末考结束后，零班成员除古月外在舞长空的提议下加入了唐门。回到东海城， 零班加入新成员许小言，正式成立了以唐舞麟为首的四人团队。为了即将到来 的天海联盟大比，舞长空对零班学员进行恶魔特训，正式开赛后，零班一路在 个人赛和团体赛披荆斩棘，但在和双胞胎对战的过程中，唐舞麟古月深受重伤， 零班不得不中途退赛。蛰伏三年后，零班学员在舞长空的带领下踏上前往史莱 克学员的路程。
