神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
奥林匹克运动会就要开始了，蓝猫和伙伴们为了取得参赛资格，开始暗中叫劲。就在蓝猫和伙伴们紧张训练的时候，另一参赛队伍“深山老林队”出现了，它由绿猴、红狗、巴豆等卡通形象组成。
公元2026年，在浩淼的银河系中，有一颗住着机器人的行星——“ 哈帝星”，由于哈帝星科技高速发展，机器人社会即将面临能源短缺的危机。好在学究犀牛博士研究发现了一种叫做“ 梦多拉晶石”的宇宙物质，能作为哈帝星的补充能源。为解决哈帝星能源危机，红宝等机器人组成V5战队，执行追踪回收梦多拉晶石的任务。可惜新成立的V5战队第一次出任务就意外出错，导致梦多拉晶石坠入行星“地球”上，晶石碎片散落在一个名为“西童镇”的小城市。 V5战队由此肩负起到地球回收晶石的任务。
本片描述了高中女生李梦玲和她的伙伴孙宇宙、郭友勇、文墨及一位美国少女牛仔在对梦想的追寻中不断成长的故事。本动画片关注当代青少年的日常成长经历、反映青少年乐观豁达的生活态度、表达青少年丰富独特的内心感受和展现青少年健康多彩的幻想追求，是一部充满了温馨浪漫的抒情性的“青春励志片”。
