神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
行到水穷处，坐看云起时。雷家堡一战后，雷家家主战死，剑仙陨落，萧瑟强行使用内力导致自身生命垂危。为挽救萧瑟，众人踏向神秘的海外仙山，只为寻找那传说之中的仙人。而与此同时的朝堂与江湖之争，仍在继续。
复仇娇妻治服冰山总裁
小羊们与灰太狼意外弄湿成语字典，导致成语世界发生了混乱。为了弥补自己犯下的过错，小羊们与灰太狼进入了古色古香的中国风成语世界，帮助里面的人物完成成语典故。小羊们与灰太狼用有趣好玩的方式演绎成语故事，不仅深刻理解到成语的意思，也学到各种做人的道理，让心中的“知识的宝库”越来越丰厚了。
少女彭涞在旅游中误入一个神秘的洞窟，里面藏着中华古籍《山海经》。彭涞好奇地取下《山海经》来阅读，不料因此解开了书本的封印，山海经中的各种奇妖异兽从书中跑了出来。为了平息这场骚动、并将山海经还原，彭涞踏上了回收山海兽的旅程。山海兽们跑出书本后，在世界各地肆意捣乱，闹得城市鸡飞狗跳。彭涞巡游各地，努力回收各个动物。鸟兽们自然不愿意乖乖返回经书，每次双方都要经过一番战斗。回收的山海兽可以供彭涞召唤并借用其能力，其中一部分山海兽更是变成了可靠的伙伴。最后彭涞成功回收了全部山海兽，挽救了现实世界，回到父母身边的彭涞变得更加坚强自信。
这个星球被DS（达摩克里斯）科技军队占领，强AI（人工智能系统）是这个军队的首领。反抗AI和DS的鹰隼部队，对疯狗镇（DS试验场）进行肃清。原为疯狗镇电工却拥有既视感（短暂预测未来）的马三、神秘女子洛凝和改造人翎以及黑客小海一同反抗并逃亡。疯狗镇的主人（“神父”莫比）乘火箭逃离殖民星球，疯狗镇的众人即将被火箭烈焰活活烧死，马三为救众人连接了AI天眼卫星，成功阻止神父并和众人逃出了疯狗镇，这一举动暗示马三可能来自DS，马三也开始对既视感的来源产生怀疑？ 众人来到被一群末世难民占领的废弃驿站，这里的首领封子昂认出马三，称呼他为长官，随即自愿帮助马三找回记忆，但殊不知，这只是一场阴谋的前奏……
