与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。 初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
魔法使一族的野心使他们为了获取更强的力量，促使他们唤醒了不该唤醒的东西，世界的毁灭近在眼前。只有最强的魔法使公主锁部叶风（泽城美雪 配音）才能阻止这一切的发生，但被部下锁部左门（小山力也 配音）暗算的叶风被困在了施了结界的无人岛上。高中二年级学生泷川吉野（内山昂辉 配音）的好友不破真广（丰永利行 配音）的妹妹不破爱花（花泽香菜 配音）被入室抢劫犯所杀，但是真广却认为妹妹的死疑点重重。为了调查妹妹的死因，真广通过海上的漂流人偶和锁部叶风达成秘密交易。 真广在失踪一个月后，在大雪的冬日伴随着漫天的蝴蝶突然从天而降。与此同时，可怕的“黑铁病”在整个日本蔓延开来。真广到底和魔法使公主结下了什么样的契约，而他到底带着怎样的使命来到这个世界？
故事发生在一所专门培养世界顶尖烘焙人才的糕点学院之中。春野小百合（石川由依 饰）自由便有着一个散发着香甜和芬芳味道的梦，希望有朝一日能够成为知名法式糕点大师。长大之后，她以特招生的身份进入了糕点学院，这所群英荟萃的学校让她离实现梦想迈进了一大步。 在学校里，小百合邂逅了名为葵井三斗希（柿原彻也 饰）的男子。葵井不仅仅是小百合的老师，还是学校里的大红人。拥有着高超的烹饪技巧的葵井很快就吸引了小白和的注意，心心相惜的两人之间的感情渐渐超越了师生情谊。然而，师生恋在这所学校里是被绝对禁止的，一旦触犯便有可能遭受被开除的惩罚。
主人公方寒在经历了残酷的仙魔斗争、同门的尔虞我诈、挚爱红怡牺牲之后，内心逐渐从懵懂少年成长为沉着果决的男人。
奥莉薇（长江里加 配音）是学校里新来的转校生，金发碧眼的她生得一副标准的外国人面孔，但实际上，无论是出生和成长都在日本境内的她，根本就一丁点英语都不会说。野村香纯（小原好美 配音）拥有着过人的智商，在几乎全部的学科上都是头筹的位置，但偏偏对英语这门科目不感冒，不只是不感冒，香纯的英语成绩只能用惨不忍睹来形容。奥莉薇的出现让香纯看到了希望，她打算拜托对方帮自己补习英语。 本田华子（木野日菜 配音）看上去有些呆呆的，常常会做出一些傻事，但成绩却意外的不错，对现充生活充满了憧憬的她，却同奥莉薇和香纯一起，被拉入了游戏的世界之中。
平凡的少女爱是随处可见的舞者。她一直看着自己的朋友町展现出舞者的才能并为此感到消沉，但有一天她发觉了町的才能的“秘密”。那是，被邪恶的法术变成手掌大小的天才们“恶偶”这一存在。只要持有恶偶，不论是谁都能成为天才。爱为了拯救成为制造恶偶的“裁缝师”的町，而成为了代代与裁缝师对立的“救济者”。
2126年的东京，是一个人工智能优化的城市，一名孤儿少女黑客隐匿其中，因为帮了她唯一的朋友一个忙，无意中卷入了由被社会排挤的摩托车手组成的慈善团伙，通过一起与毒品集团有关的谋杀案调查，揭露了这个看似乌托邦的城市背后的阴暗面。
高度发展的都市，拉塞尔市。 在讴歌繁荣的这座城市中，动摇这个世界的巨大阴谋开始启动—— 立刻察知阴谋动向的男人索德，为了揭露阴谋而投身于不为人知的战斗当中。但他得到的线索却只有“El Dorado”这样的关键字而已。在战斗当中，索德遇到了一位名叫索菲亚的少女。索菲亚也在寻求着失踪的哥哥皇后留下的讯息“El Dorado”的含义。索菲亚失去了皇后，而索德也有过失去妹妹的过去。被“El Dorado”这一字句所吸引的两人，从对方身上感受到看不见的羁绊，并开始一同行动。 就这样，各自的心意交错的旅程开始了——
