在未来世界里，人类研发出了生理上与人类无异的仿生人，二者唯一差别就是可以被植入“初始执念”。由于该产业发展迅猛，有人开始利用其进行非法活动。政府最终出台“仿生人禁止令”。 政府成立“明眸搜查部”来配合搜查混迹在人类社会中未被发现的仿生人，调查员程诺（宋威龙 饰）和安秋（文淇 饰）在组长万国峰（祖峰 饰）的带领下展开工作。二人从开始的互看不惯到后来可以默契配合完成案件侦破。就在这个过程中，二人各自隐藏的秘密也渐渐浮出水面。
本剧是一部描写现代家庭情感的电视剧，导演和主创人员皆为电视剧《红蜘蛛》的原班人马。每两集一个故事，通过对十个具有典型性的“问题家庭”的案例分析，向人们提出警示—该以怎样的态度面对家庭矛盾，以维持家庭的圆满，避免悲剧的发生，促进社会的安定团结。剧中通过十个家庭案件，揭示出个人内心的虚弱，描绘了人们由于情感错位引起的犯罪。导演将通过“情感十戒”向观众警示：每个人都应保持对生存的警戒，坚守生存规范。 该剧延续了《红蜘蛛》的纪实风格，并且加强了整体的艺术性。都晓介绍说，《家庭档案》不完全是纪实，但故事却力求真实，贴近老百姓的生活。为此，在演员的选择上剧组拒绝大腕加盟，选用一些实力很强的演员，除了史可、李婷、刘冠军等几位观众熟悉的演员外，大多数演员都是新面孔。
村中一霸“天狼”谢天啸和铁血打手“狗哥”王凯二人厮混长大，整日幻想着有朝一日能出去闯荡江湖。因为天啸遭遇家中变故，天啸和狗哥决定进城闯荡。初来城里，二人就被江湖骗子圈圈摆了一道，后三人不打不相识，结为伙伴，并在圈圈的帮助下走上了棒棒生涯。在做棒棒的同时，天啸和狗哥先后结识了老黄、小渝、祥叔、小阳等形形色色的人物，也在不经意间，天狗二人触碰到码头幕后老板龙二的利益并在几次冲突中与之结下梁子。天狗二人成长的同时，一场以码头为中心的江湖大风暴即将拉开序幕。
大清乾嘉年间，连生三个女娃的大将军翁哈贷的妻子映月（王琳 饰）为了巩固自己的地位，竟然想出狸猫换太子的大胆计策，用别人家生下的男婴替换了自己产下的女婴。转眼二十年过去，男婴长成一脸英气的恒泰（陆毅 饰），而女婴则被勾栏妓女收养，得名宋连城（袁姗姗 饰），虽然美丽婀娜，却出身泥潭。在命运的指引下，从小生活在市井、满嘴谎言的连城与正直单纯的恒泰邂逅，在打打闹闹的过程中，两个年轻人渐渐熟稔，更在相处的过程中对彼此渐生好感。 命运的锁链将从出生那一刻起便种下不解之缘的两个人紧紧锁在一起，由此谱写了一曲民间久久流传的传奇……
