本剧是一部描写现代家庭情感的电视剧，导演和主创人员皆为电视剧《红蜘蛛》的原班人马。每两集一个故事，通过对十个具有典型性的“问题家庭”的案例分析，向人们提出警示—该以怎样的态度面对家庭矛盾，以维持家庭的圆满，避免悲剧的发生，促进社会的安定团结。剧中通过十个家庭案件，揭示出个人内心的虚弱，描绘了人们由于情感错位引起的犯罪。导演将通过“情感十戒”向观众警示：每个人都应保持对生存的警戒，坚守生存规范。 该剧延续了《红蜘蛛》的纪实风格，并且加强了整体的艺术性。都晓介绍说，《家庭档案》不完全是纪实，但故事却力求真实，贴近老百姓的生活。为此，在演员的选择上剧组拒绝大腕加盟，选用一些实力很强的演员，除了史可、李婷、刘冠军等几位观众熟悉的演员外，大多数演员都是新面孔。
讲述了宁真童年时期目睹父亲遇害现场，母亲离奇失踪，刑警队长陆征为查清真相惨遭杀害。现场留下的神秘符号“深渊”，将宁真、陆征的女儿陆凡和徒弟曹进几人的命运紧密相连。多年后，“深渊”再现，连环命案，迷雾重重，仿佛陷入无法逃脱的宿命的故事。
九州大陆天启年，神医古小枫奉帝命前往海城救瘟。却遭神秘人攻击，被抛入湖中，朦胧中她看了任翼的身影。醒来的她却身处一个完全陌生的现代世界，为了查清真相，古小枫决定跟在急诊科实习医生任翼的身边，一段以漫画为媒介，跨越两个世界的奇幻爱情故事也由此展开。任翼起初抗拒，最终被古小枫高超的医术和善良的性格所折服，两人携手治病救人，相约步入婚姻的殿堂。但身处两个世界的她们，注定只是彼此的过客。
