本剧是一部描写现代家庭情感的电视剧，导演和主创人员皆为电视剧《红蜘蛛》的原班人马。每两集一个故事，通过对十个具有典型性的“问题家庭”的案例分析，向人们提出警示—该以怎样的态度面对家庭矛盾，以维持家庭的圆满，避免悲剧的发生，促进社会的安定团结。剧中通过十个家庭案件，揭示出个人内心的虚弱，描绘了人们由于情感错位引起的犯罪。导演将通过“情感十戒”向观众警示：每个人都应保持对生存的警戒，坚守生存规范。 该剧延续了《红蜘蛛》的纪实风格，并且加强了整体的艺术性。都晓介绍说，《家庭档案》不完全是纪实，但故事却力求真实，贴近老百姓的生活。为此，在演员的选择上剧组拒绝大腕加盟，选用一些实力很强的演员，除了史可、李婷、刘冠军等几位观众熟悉的演员外，大多数演员都是新面孔。
耿林（王志文 饰）和刘云（江珊 饰）是一对相守多年的夫妻，他们一个是卫生局副处长，一个是医生，宽裕的经济条件下生活很是平静。一次偶然中，耿林结识了名叫娄嘉仪（徐静蕾 饰）的妙龄女子，娄嘉仪的奔放和开朗吸引了人到中年的耿林的注意，随着时间的流逝，耿林发现一种异样的感情在心中逐渐生根发芽，而他和刘云之间的关系也因此而产生了裂缝。 娄嘉仪有一个若即若离的男友肖天海（王学兵 饰），两人分分合合，关系并不稳定。一场凶杀案的发生让耿林和刘云身陷其中，但也正是这一契机让两人重新找到了对彼此的依赖和信任，濒临破碎的家庭有了复合的希望。
1939年，中国国内的局势宛如一个巨大的漩涡，各方势力裹挟于此，拼死角力，一着棋错，满盘皆完。沉默冷静的方滔（吴秀波 饰）是这场角力中的一枚棋子，也是至关重要的一着。他有着多重身份，表面上是比利时使馆中的职员，暗中的身份既是共产党的狙击手，又是军统的特务，更是一名青帮成员。没人知道他的真实身份，也没人能轻易逃出他的狙杀。 随着全国上下抗日情绪的高涨，军统与中共方面针对汪伪政权的锄奸行动也紧锣密鼓地展开了。另一方面，日寇也对革命中的关键人士展开追捕和暗杀。方滔就这样被推向历史的前列，做着惊世骇俗却又鲜为人知的神秘工作……
