踏入二十一世纪的上海再次肩负起历史重任，成为中国对外贸易的重要港口。当各国外商尽力在上海分一杯羹之际，沈氏家族掌门人沈正山从大马迁至上海已二十余年，事业愈做愈大，沈氏集团也成为沪上首屈一指的大企业。 正山育有一子家伟，一女家敏，二人皆继承其父狠辣个性，并为争家产一事明争暗斗。大马青年区仲文的介入又使一场掩盖多年的悲欢恋情大曝天下。原来正山继室李燕当年与任司机的仲文父亲发生恋情并有了爱情结晶，正山得之大受打击，一次酒醉后又把女佣秀莲奸污，并举家迁往上海，李燕到沪后产下一子，取名家伟。秀莲与信安结合后，也产下正山的儿子仲文。
在少林寺传奇3的演员阵容颇为豪华，除了第一部的李渊、谢苗、孙卉凝、潘元甲等老班底，还加入了嵩山少林寺武僧--徐鹏军（法名：释延君）和武打童星曹骏，全国武术冠军许明虎，以及大哥大--洪金宝的加盟！另外，鲍国安将再次与都晓导演合作，出演《少林寺传奇3》。曾在《少林寺传奇1》中，鲍国安饰演剧中的少林寺方丈，深受观众的喜爱，这次鲍国安老师再次扮演少林寺方丈。计春华则将从以往的反面变身正派！
