本剧是一部描写现代家庭情感的电视剧，导演和主创人员皆为电视剧《红蜘蛛》的原班人马。每两集一个故事，通过对十个具有典型性的“问题家庭”的案例分析，向人们提出警示—该以怎样的态度面对家庭矛盾，以维持家庭的圆满，避免悲剧的发生，促进社会的安定团结。剧中通过十个家庭案件，揭示出个人内心的虚弱，描绘了人们由于情感错位引起的犯罪。导演将通过“情感十戒”向观众警示：每个人都应保持对生存的警戒，坚守生存规范。 该剧延续了《红蜘蛛》的纪实风格，并且加强了整体的艺术性。都晓介绍说，《家庭档案》不完全是纪实，但故事却力求真实，贴近老百姓的生活。为此，在演员的选择上剧组拒绝大腕加盟，选用一些实力很强的演员，除了史可、李婷、刘冠军等几位观众熟悉的演员外，大多数演员都是新面孔。
该剧讲述了市检察院资深检察官段鸿山（张鲁一 饰）在办理“被家暴女性杀夫”案件时，省检察院青年检察官方灵渊（高叶 饰）被任派协助办案。两人办案过程中，发现案件与十四年前段鸿山办理的李沐风（白敬亭 饰）、梅筝（张柏嘉 饰）、江婷（叶青 饰）经历的“校园防卫过当案”息息相关，二人以事实为根据，以法律为准绳，综合考量“天理、人情、国法”，最终给予案件准确定性的故事。
讲述了宁真童年时期目睹父亲遇害现场，母亲离奇失踪，刑警队长陆征为查清真相惨遭杀害。现场留下的神秘符号“深渊”，将宁真、陆征的女儿陆凡和徒弟曹进几人的命运紧密相连。多年后，“深渊”再现，连环命案，迷雾重重，仿佛陷入无法逃脱的宿命的故事。
在1939年日军入侵山西的历史背景下，一位爱国且具狭义之气的村民和一名爱国女学生，联手挫败日本人窥探山西矿藏的阴谋，用形意拳的精髓和其蕴含的兵法精神来保护家乡的故事。
村中一霸“天狼”谢天啸和铁血打手“狗哥”王凯二人厮混长大，整日幻想着有朝一日能出去闯荡江湖。因为天啸遭遇家中变故，天啸和狗哥决定进城闯荡。初来城里，二人就被江湖骗子圈圈摆了一道，后三人不打不相识，结为伙伴，并在圈圈的帮助下走上了棒棒生涯。在做棒棒的同时，天啸和狗哥先后结识了老黄、小渝、祥叔、小阳等形形色色的人物，也在不经意间，天狗二人触碰到码头幕后老板龙二的利益并在几次冲突中与之结下梁子。天狗二人成长的同时，一场以码头为中心的江湖大风暴即将拉开序幕。
该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。
