白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。
　　在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。

　　鬼怪電影一向都是以驚嚇觀眾為目的，導演陳家蓀卻反其道而行，雖起用一向演奸人為主的石堅任主角，但角色卻是好心鬼簡人。這好心鬼不獨與男孩小吉（梁俊傑）結成好友，更幫助小吉的父親阿祖（狄龍）及母親美琪（蕭芳芳），讓他們得以冷靜處理面臨破裂的婚姻，再發覺仍互相深愛著對方。在小吉的折衷及簡人暗中幫助下，小吉父母終告復合，小吉再獲父母之愛，幸福地生活下去，而簡人亦功成身退，悄然與小吉道別……

第四届霸王花如期毕业成队，适逢一群悍匪冲入医院抢夺同伙，霸王花迅速投入战斗，可惜寸功未建，令上峰胡警司颇为难堪，警界推出的“金装霸王花”Madam杨（杨丽菁 饰）依赖一身硬功夫和高科技装备，表现颇为抢眼，致霸王花队伍有解散之虞。霸王花成员心灰意懒纷纷离去，Madam李（李赛凤 饰）遂展开了寻访前任霸王花重新入队解决危机之旅，最后只得全心照料儿子的Amy（吴君如 饰）和刚由精神病院出院的May（惠英红 饰）加入，于是新老霸王花在阿南（楼南光 饰）指导下开始了磕磕绊绊的恢复性训练。与此同时，抢人未果的悍匪们冲入学校，挟持警务处长之子要求释放同伙，霸王花们再次全力出击……

　　阿星（周星驰 饰)利用特异功能在赌王大赛出尽风头，而后云游世界，不知所踪。洪光（秦沛 饰）不甘心失败，再度组织“超级赌王大赛”。松爷（刘镇伟 饰）勒令三叔（吴孟达 饰）寻觅特异功能人士参赛。另一方面，大陆对阿星在港所作所为十分不满，派出同样有特异功能的阿星之姐阿梅（梅艳芳 饰）赴港捉回阿星。三叔巧遇鱼市赌霸（郑裕玲 饰），为其赌技折服邀她出赛，却不知对方只是为弟弟筹措手术费的一名老千而已。阿梅暂住三叔家里，与大陆抵港的义匪大B（钟镇涛 饰）结识并心生爱意，并且最终答应传授赌霸特异功能以帮助她渡过难关。赌王大赛如期举行，阿梅却遭袭以致功力大减，而洪光却请来了大陆异人为自己撑腰……

　　八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀……
　　本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。

　　新狱警成结识原为律师的监犯康，并与康妹成爱侣，但副狱长垂涎康妹美色，康妹惨被强奸而自杀，加上副狱长凶残成性，引起监狱暴动，成与康不顾一切决杀仇人。