神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。

　　2058年，人们安居乐业，科技高度发展，脑机系统（人脑与计算机互联）早已走入人们的生活。在白洋市一家叫做“绿洲”的脑机系统科技公司，在不断深入研究人脑世界（脑宇宙）时，发现了一种奇怪的症状，他们称之为“蜂群症”。为了遏制“蜂群症”的蔓延，众多平凡英雄前仆后继，一段波澜壮阔的故事就此拉开帷幕。

暗月世家举办祖宗大会，意图借机处置青羽世家。众附属家族起义，脱离暗月世家自立门户。梁项怒下杀手，所幸安雪云、徐副院长相继赶到，逼迫梁项退让，叶星河才得以全身而退。但安雪云却因此被软禁，不久后便要履行婚约嫁往京都。胞妹雪嫣前来求助，叶星河潜入天恒世家府邸，与雪云约定在前往京都途中劫车私奔。梁项秋后算账，将当日起义的附属世家一一灭族。叶星河与梁玉里应外合，将梁项等人诱入北冥山埋伏中，最终梁玉取代梁项成为家主。叶星河与夏雨凝为寻天龙宝藏，深入天翎神宫一探究竟。

　　传说在数万年前，有一个世外桃源那里生活着许多龙，由于真龙需要吸收大量的真气，导致地球上空气稀薄，人类濒临灭绝，为拯救人类，幸存的人制造出屠杀巨龙的兵器，开始屠杀巨龙，龙族四处逃串，最后的一条巨龙逃到了中原，将龙族的希望封印于地底，而巨龙死亡时爆发的能量弥漫于空气中，修炼的人称之为龙魂。数万年后，屠龙族的白无瑕来到万家寻找逃亡的真龙，隐藏身份潜伏在万家。主角万翼是万家的废物青年，机缘巧合获得了真龙的魂力，而恰逢朝廷准备收服万家，因此发生了屠龙族、万家和朝廷三方的故事，最后白无暇和朝廷公公雨化田双双死在了万家，同时也害死了万家家主万天霸和万家青年天才万森，但据万翼感觉，白无暇和万森并没有真正死亡。

灾变纪元，人类靠机甲对抗噬铁兽，机械亲和度决定一切。林风因F级亲和度被血狼战队抛弃，濒死时意外激活机械神豪系统，从此逆袭。他坐拥S级机甲军团，开起风暴维修站，以超导电池、定制机甲等黑科技横扫末世，不仅赚得海量晶源，更凭实力碾压昔日仇敌雷烈兄弟。面对兽潮危机与各方势力觊觎，林风一边升级系统、打造深渊级机甲，一边守护文明火种，从被唾弃的废柴，一步步成为掌控末世机甲帝国的绝对王者。

　　灵界之初，阴阳未分，瞑涬鸿蒙，后大道萌芽，灵神生其中，灵神创灵界万物，并于源神谷将自身力量化作【九件圣天灵器】，维持灵界稳定，生生不息。 灵界人族——炬皇，懵然中发现修炼大道碎片【灵气】的方法，以此成为第一代统治人族的王者，他发现了源神谷的强大力量，于是深入源神谷，妄图以凡人之躯掌握神之伟力，然圣天灵器异常强大非凡人所能染指，炬皇最终被强大的灵力吞噬，炬皇临终前有言：继承九件圣天灵器者，获永生，与天地齐寿。 现如今，普通人只能生活在圣天灵器护佑的城市之中，灵界被玄阳，月族和山海联盟分割，三足鼎立，勉强维持着表面的和平… 影月族族长之女影月琉璃作为影月族的继承人，天赋异禀，族人都希望她可以带着影月族重新崛起。但是琉璃却只想过简单轻松的生活，当一条咸鱼。