2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

该作讲述的是与钢管舞相遇后改变人生的少女们努力和成长的青春故事。

精灵宝可梦，简称宝可梦，
　　这颗星球上非常非常不可思议的生物，
　　在天空、大海、森林、街道之中到处都能看到它们的身影。
　　持有不可思议吊坠的来自帕底亚的少女——莉可。
　　持有神秘精灵球的来自关都的少年——罗伊。
　　以广阔的宝可梦世界为舞台，
　　莉可和罗伊的新冒险开始了！
　　等待两人的相遇，还有命运是—！？
　　这是一个通过冒险“找到”重要的东西的故事。