本片根据IDEA FACTORY于08年9月发行的PS2女性向恋爱冒险游戏《薄樱鬼——新选组奇谭》改编。
　　动乱的幕末时期，雪村千鹤是在江户长大的兰学医者雪村纲道的女儿.父亲纲道原本应该是与女儿分开后在京都工作的。可是父亲突然神秘失踪，因为联络不上父亲而担心的千鹤决定女扮男装前往京都探访。在那里，她所看见的是，与饥渴地寻求鲜血的妖怪所战斗并制伏他们的新选组的队士们。千鹤与新选组结下了奇妙缘分，并因缘际会之下加入了新选组。在搜索失踪父亲的主人公面前，出现了神秘的刺客们，逐渐明朗化地新选组的秘密——罗刹的存在。
　　在狂暴的时代中，在幕末争斗的背后,胸中挥舞着理想与信念之刃的男人们，与黑暗的战斗也拉开了序幕......

　　双叶幼稚园的小朋友们来到了高快乐园，在此进行愉快的远足活动。期间，小新（矢岛晶子 配音）在误打误撞之中来到了高快马戏团内，看到了木偶娃娃多佩玛（渊崎有里子 配音）。多佩玛告诉小新，自己被邪恶的乔奇莉诺（室井深雪 配音）施下了诅咒只能在晚上现身，而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧（大冢芳忠 配音）和裘马（田中秀幸 配音）两人的老巢，而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。
　　害怕的小新并没有答应帮助多佩玛，第二天，幼稚园新来了一位名叫雪人（古川登志夫 配音）的老师，而雪人来这里的唯一目的，就是夺回小新的扑克牌。很快，笑眯眯胖乎乎的雪人就取得了广志和美伢的信任，并下药将他们迷倒。在这千钧一发之际，小新念出了多佩玛教给他的召唤咒语，打败了雪人。

　　某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。
　　之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。

　　双叶幼儿园的游园会快到了，往年都会在游园会里跳春日部舞，但今年松阪老师却突然提议要跳森巴，不过马上受到吉永老师和上尾老师的大力反对，最终也只好不了了之。奇怪的是，第二天在幼儿园里，吉永老师却不同前一晚的态度，大力向园长建议游园会上应该跳热情的森巴……

　　某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。
　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉，但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在香港，两人前往香港，在那里又遇见了肌肉，一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。

　　C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......

　　夕城美朱（荒木香惠 配音）是一名普通的高中生，一日，她正和好友本乡唯（冬马由美 配音）在图书馆看书，两人无意间翻开了一本名叫《四神天地书》的古书，一道红光闪过，两人被吸入书中，穿越到了一个架空的时代。在那里，美朱的身份不再平凡，她摇身一变，成为了人们口中的朱雀巫女，而朱雀巫女的任务便是找齐传说中的朱雀七星士，召唤出朱雀，来实现她的愿望。随着旅途的展开，朱雀七星逐渐现身，而身为巫女的她，和其中的鬼宿（绿川光 配音）产生了深厚的感情。
　　另一边，小唯也穿越到了与美朱同样的时代，她竟然成为了与朱雀巫女对立的青龙巫女，她也要找到属于她的青龙七星士。刚开始，一向胆小懦弱的她并不愿意与美朱为敌，但当看到美朱和鬼宿越走越近的时候，嫉妒使她的心慢慢得扭曲了。

　　学校里的音乐大赛结束了。可是日野香穗子仍然一如既往地进行着小提琴的练习。她再次对自己与其它参赛选手之间的实力差距有了认识，但仍然抱着喜欢小提琴的心情全心投入地继续努力着。可是此时有一个看到她练习时样子的少年卫藤桐也，却对她的努力报以冷淡的语言。而且随着星奏学院下一任理长吉罗晓彦的登场，发生了更加令人震惊的事件！在这种情形下，香穗子的面前又出现了一个神秘的转学生加地葵……

　　本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏的Heaven's Feel路线，简称“HF”或“樱线”，是该系列作品动画剧场版全三部作品中的最终章。
　　在剧场版作品第二章黑化之后的樱吸收了众多Servant的灵魂后，被世间 所有的恶控制，成为黑色圣杯的化身。
　　最终，得知一切的士郎放弃了成为正义的伙伴，选择了保护樱...