就读英国贵族学校的威廉·特怀宁（江口拓也 配音），因为破产付不起高昂的学费，在家中试图寻找隐藏的金库时，无意中触动了魔法阵，把恶魔但他林（寺岛拓笃 配音）召唤出来。他自称为魔界大公爵，是魔界代理王的最佳人选，还说威廉是所罗门的后裔，是魔界“选定者”，拥有选定代理王的权利。作为一个相信科学的现实主义者，威廉认为但他林所说一切皆为胡言，还把他赶出家门。
　　再次回到学校的威廉，意外发现自己拖欠的学费已经交齐。不仅如此，班上突然多了一位插班生，而他居然就是但他林。但他林不仅帮威廉缴纳了学费，还时刻陪在身边保护他。与此同时，威廉遇到一个神秘的学生西迪（松冈祯丞 配音），他自称魔界子爵，同时也是代理王候补……关于魔界与人间，恶魔和现实主义者的故事，就此展开。

　　表面上，琴浦春香（金元寿子 配音）是一个外表可爱的普通少女，但只有她自己知道，自己所拥有的，能够读懂他人内心的超能令是多么的让她感到困扰。从小到大，因为这超能力，琴浦不知道受到了多少的伤害，而封闭心门，似乎成为了减少痛苦的唯一方式。
　　就这样，琴浦升上了高中，本以为压抑的生活还将继续，没想到，一群好友的出现彻底改变了她的生活。外表吊儿郎当但内心十分纯情的真锅义久（福岛润 配音），一心想证明超能力确实存在的御舟百合子（花泽香菜 配音），傲娇又天真的森谷日和（久保由利香 配音），在这些朋友的陪伴下，琴浦体会到了一种正面的能量，而她和真锅之间的感情也发生了微妙的变化。

　　因为父亲的再婚，十六岁的女高中生朝日奈绘麻（佐藤利奈 配音）入住朝日奈家，她一下子多了十三个新兄弟！父亲和新的母亲住在别处，而绘麻和十三个兄弟生活在同一屋檐下。新生活第一天，迎接绘麻到来的是温柔的长男雅臣和年幼的末子弥。随后绘麻一一见过她的新兄弟，包括同卵双胞胎椿（铃村健一 配音）和梓（鸟海浩辅 配音），而且她还发现同班同学朝日奈侑介（细谷佳正 配音）也成为了自己的兄弟。侑介对于绘麻的到来感到十分吃惊，他似乎对绘麻怀着不一般的情愫。十三个兄弟职业不同，性格各异，绘麻的到来，是否会对他们造成困扰？迎来二十岁生日的昂（小野大辅 配音），酒后竟然说出了心里话……
　　期待有朝一日可以被接纳的绘麻，会与十三个兄弟产生什么样的羁绊？

　　纯（逢坂良太 配音）升上了大学，每一天，他上课下课打工，过着枯燥而乏味的生活。某日，在打工的店里，纯意外得到了一本杂志，这本杂志专门教人如何使用杂志里附赠的零件来制作人偶，只要收集齐这一套杂志，按部就班的制作，就能够得到名为真红（泽城美雪 配音）美丽人偶。
　　就这样，在好奇心的趋势之下，纯开始制作人偶。可就在快要完工的节骨眼上，纯却收到了杂志休刊的消息，而这一切背后的始作俑者，是名叫雪华绮晶（千叶千惠巳 配音）的人偶。当纯开始制作真红的那一刻起，人偶之间的战争再度拉开了序幕。为了完成自己的作品，纯决定亲自前往N之领域，寻找剩下的材料。

　　那是一个动荡的年代，战争、饥饿、疾病、天灾，死神的阴影笼罩全球，却无法遮挡心头闪现的梦想和希望的光芒。平凡的日本少年堀越二郎（庵野秀明 配音）迷恋游弋长空的飞机，梦中他与意大利飞机设计师卡普罗尼（野村万斋 配音）成为朋友，享受着飞行带来的乐趣。恐怖的关东大地震，二郎邂逅一生的挂念——里见菜穗子（泷本美织 配音），短暂的相逢，无序的混乱中又失之交臂。在命运的指引下，被称为天才的二郎如愿成为飞机设计师，他和前辈同侪共同努力，绞尽脑汁提升飞机的性能。欧洲的先进设计让他们痛心疾首，另一方面又充满矛盾的打造着融合了梦想和杀人属性的机器。他追逐梦想，并与菜穗子重逢。动荡的昭和时代，风雪飘摇之中步伐从未停止……
　　本片根据零式战斗机设计师堀越二郎的人生事迹和作家堀辰雄的同名小说改编。