明朝年间，朝廷屡贡不休，导致马贼猖獗为患，遭受马贼洗劫涂炭的民众无不提心吊胆惶惑不安。在没有朝廷出兵清剿的援助下，民间惟有以自己有限的能力与马贼对抗。但在灭绝人性的马贼面前，民间的抵抗显得无济于事，常常是马贼肆虐过的地方，尸横遍野血流成河。为救民众免遭马贼的涂炭，佛界、道界和江湖武林纷纷出手。这其间，天龙派高手赵龙夫妇在与马贼首领交手中，双双中毒，危在旦夕。
　　赵龙的妻子白凤中毒后，邪毒侵入胎体的婴儿。为保住马龙的骨肉，白凤顶着师叔的压力，承受着马贼邪毒的折磨，于七个月后生下一个男婴，取名无邪。生下男婴后，白凤的生命走到了尽头，赵龙在仓山掌门委派弟子周游送来的百花还魂药的救治下，暂时压制住毒性的发作。可怜周游孤儿命苦，师叔收留周游，让周游做了赵龙的弟子。
　　时光荏苒，寒暑易节，一晃十几年时间过去了。十几年间，无邪、周游和后来投奔龙虎门的小娟，在赵龙的教授下武功日进、身手不凡。但是，伴随武功一起长进的，各自的秉性和修行相去甚远。周游生性善良宽大仁厚，颇得赵龙和师叔公喜欢；无邪因身带马贼邪毒，暴扈阴毒张狂不羁。
　　在身体日渐衰微的情况下，赵龙将龙虎门掌门之位传授给了周游，激起了无邪的憎恨。当晚，无邪窃取龙虎门掌门人信物时被父亲发现。无邪利欲熏心，置父子亲情于不顾，出手将父亲打伤后带着小娟离开龙虎门。赵龙气血攻心含恨而亡。处理完师傅的后事，周游铭记师傅的嘱托，前去寻找无邪。
　　无邪没有坐上龙虎门掌门人的位子，发誓找到百年前被龙虎门一分为二散落江湖的天极剑。无邪找到天极剑，凭借天极剑挑战江湖武林。随后的十年间，无邪寻遍江湖武林，犯下累累血债。为挽救遭邪毒侵蚀至魔的无邪，周游闭关十年，苦行修炼，终于修成掌门大法。周游参透师叔公的指点和师傅临终前留下的龙虎秘笈，用水、木、金、火、土五行阵法，在付出牺牲自己的代价后，帮助无邪逼出邪毒，重返人形。五年后的一天，无邪重现龙虎门，将周游的灵位和天极剑交由龙虎门掌门人小娟后，从此消失于江湖。

　　绝无神（任达华 饰）及其子绝心（谢霆锋 饰），投毒暗算中原武林，无名（何家劲 饰）、步惊云（郭富城 饰）成阶下囚。聂风（郑伊健 饰）闻讯赶到，与步惊云联手攻击，均遭重创。无名单挑绝无神，使用万剑归宗也无济于事。为破强敌，聂风、步惊云、楚楚（唐嫣饰）一起来拜谒魔道高人，但直到第二梦（蔡卓妍 饰）出现，才引得高人现身，但他双臂已断，功力也大不如前。为了破敌，聂风愿身堕魔戒，增强功力。而步惊云则师从无名，创建了新派剑道。此时，绝无神生擒了中州皇帝（谭耀文 饰）来到凌云窟。绝心用残酷逼皇帝说出龙骨所在。千钧一发之际，风云先后赶到，一场江湖对决，由此展开……
　　本片根据马荣成畅销漫画《风云》改编，为10年前刘伟强版《风云雄霸天下》的续集，导演是擅长恐怖片的彭氏两兄弟。

　　故事发生在清朝末年，戏院中，一出精彩的《十八罗汉斗悟空》正在上演，台下坐着的，是崇洋媚外的汉奸玉面虎和俄国大使。忽然之间，台上正在表演的演员们冲下了台，想要刺杀玉面虎，然而刀枪哪有子弹快，刺杀行动失败了，刺客之一铁猴子救下了一名同伴，两人逃离了现场。
　　阿金是一位单纯的少年，他进城只为了寻找下落不明的父亲，却遇见了小春和小倩这两个无所事事的小混混。玉面虎的生意升了级，开始贩卖起了军火，一场交易之中，铁猴子出现搅局，小春和小倩在误打误撞之中盗走了装有军火的车辆。其实，阿金的父亲正是铁猴子当初救下的那名同伴，在得知父亲已经被玉面虎杀死之后，阿金决定加入铁猴子一伙人，为父亲报仇。

　　立仁（刘德华 饰）自小便父母双亡，在泰国的孤儿院长大。长大后，立仁进入了泰国空军。此时，他仍耿耿于怀当年父母的死亡。原来，在立仁9岁的时候，他的父母带着他携带一批重要资料和物品来到泰国，岂料父亲的结拜兄弟见利忘义，将他的父母杀害了。一天，立仁糊里糊涂的和仇人的情妇Mona（关之琳 饰）发生了关系，由此受到了杀手的追杀。无奈之下立仁逃到了美国寻求CIA的帮助。在美国，立仁无意中又救了仇人的女儿Chrystal（吴倩莲 饰），两人堕入了爱河。爱情、亲仇交织在一起，立仁该何去何从？

　　清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）是红花会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至菩禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往红花会。但马宁儿被洪熙官打成重伤后，并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物，他杀害了红花会总舵主，并追杀五个孩子……

　　本片由黃泰來導演，黃岳泰攝影。故事描述，羅莽、尹相林、強漢、湯鎮宗及左燕翎五人偷渡赴港時，湯不慎誤踏陷阱，動彈不得，羅等欲救不果，看駐軍逼近，只得捨湯而去。四人到港後，三男淪為黑幫打手，一次私下行劫時，失手被捕入獄；期間羅因鬧事被加判刑期，然尹、強出獄後即被神秘殺害，督察白彪疑是三人之仇家所為，遂提前釋放羅，企圖引出兇手。羅出獄後屢遭追殺，疑是左所為，蓋行劫當日乃由左接應，但左至今未動賊贓分毫……

　　街头少年钱继东（丁子俊 饰）自幼崇拜“旺角双鹰”之一的蒲俊（任达华 饰），他的父亲因欠西洋仔（雷宇扬饰）的高利贷被打，钱继东遂找西洋仔拼命，为父亲出气，却被西洋仔擒获。危急关头，蒲俊出现受钱继东为自己的手下，救了他一条姓名，从此钱继东跟着蒲俊闯荡江湖。但钱继东的女友GIGI（黎姿饰）不喜欢他混迹于黑社会，苦劝无效，终于与之分手。西洋仔用卑鄙手段当上了社团的龙头老大，他夺取了蒲俊的生意，又把子杰害死。蒲俊激愤之下又发现唯一在自己身边的钱继东竟是警方派来的卧底，蒲俊赶走了钱继东，单枪匹马找西洋仔谈判，结果被西洋仔抓住，这时，放弃了女朋友和警察身份的钱继东赶到，与蒲俊联手作战，火拼西洋仔……

　　武师陈厚德（元华 饰）远赴美国开设宝芝林，时常召唤国内的徒弟阿杰（李连杰 饰）来美国帮衬，但阿杰担忧在美的居留问题，迟迟未到。陈厚德曾经收下一名美国弟子尊尼（杰瑞•特林伯 饰），尊尼学成后却挑战师傅，意欲扬名立万扩张自己的武馆，陈厚德被尊尼打成重伤，宝芝林也被砸烂，幸好有少女安娜路过，将陈厚德救走。几乎同时，阿杰终于来美探望师傅，岂料一出机场便遭遇各种麻烦，先是莫名其妙收下三名落魄墨西哥少年为弟子，又与查封宝芝林的银行地产部经理阿美（郭锦恩 饰）不吵不相识。阿杰因语言不通，守候宝芝林寻找师傅下落，而尊尼也在四处打探陈厚德的去向，一中一外两名弟子，将为义与利的不同追求狭路相逢……

　　清末，太监总管李莲英授意义和团内神打、茅山、术士三坛清除叛徒二舵主雷公（刘家良 饰）。神打坛方少卿（惠英红 饰）与师叔（刘家辉 饰），茅山坛雷勇（刘家荣 饰），术士坛铁猴（小侯 饰）、铁坛主（朱铁和 饰）分头南下广州，寻觅雷公下落。
　　当年雷公掌管云南分舵，因不愿见弟子凭 借所谓“神打”功夫抵抗洋人军火徒然丧命，不惜违背朝廷旨意，将义和团云南分舵解散，化名雨伯隐居乡间。三坛之追杀人马皆有争功之心，暗斗不止。雷勇更用无赖（傅声 饰）乔装雷公以引出真身。方少卿与铁猴先后为雷公大义感动转变阵营，但三坛坛主仍欲置雷公与死地。

　　方家两兄弟龙进（陈晓东 饰）和龙就（吴镇宇 饰）自小就在外婆家相依为命，然而，在龙就8岁的时候，他做了一件所有人看来都不可思议和不能原谅的事：小龙就拿了外婆家里的5万块钱，之后失踪了。哥哥的离去一直令到龙进耿耿于怀，其一是因为他拿走了外婆的5万块钱，但更多的是对他不辞而别抛弃自己而不解。
　　一晃数年过去了，龙进已经长大成人，还结交了一个要好的女友Jess（吴佩慈 饰）；另一方面，龙就已是泰国黑帮的一员，还和黑帮兄弟一哥的妹妹阿雪（梁咏琪 饰）相恋了。外婆过世后，龙进终于有机会去解开他多年的心结，于是，他带着Jess踏上前往泰国寻找龙就的航班。

　　何小冬与小妹芷若因父亲过世，于是由乡下至珠海寻找二叔投靠，但是其间无意看见以屠月生为首的贩毒集团杀人无数。贩毒集团欲杀小冬灭口，挟其妹芷若为饵，小冬奋勇救妹把贩毒二头目龙哥杀死。此时公安局长亦布线许久，怕小冬打草惊蛇，坏了大局，于是命令杨组长配合日本国际特警利用屠月生做生日大寿时潜伏打击犯罪，他们是否能完成艰巨任务呢？