1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无缺的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行人。这时哥斯拉亦在亚度诺亚岛出现，两只怪兽由海上战斗到陆上……

　　近未来，科学家研发出可以窥探人类脑中世界的MRI扫描器。借助该扫描仪的帮助，警方可以从死者临终前看到的影像中追查线索。名为科学警察研究所法医第九研究室的机关，正是运用MRI扫描技术的经营机关。作为“第九”室长的警视正薪 刚（生田斗真 饰），曾经见过堪称地狱般的罪犯之脑。这一天，新人研究员青木一行（冈田将生 饰）被分配到“第九”，他很快就接触到一桩诡异的案件。某个男子因涉嫌杀害全家而被判处死刑，薪刚和青木一行对死刑犯露口浩一（椎名桔平 饰）的大脑研究时意外发现，灭门案中失踪的女儿露口绢子（织田梨沙 饰）居然挥舞着利刃刺向家人。以此为契机，连锁事件接连发生，甚至指向了“第九”的禁忌之地——贝沼事件，当初薪刚的好友铃木（松坂桃李 饰）以生命为贝沼事件画上血淋淋的句号，而今黑暗的秘密逐渐浮出水面……
　　本片根据清水玲子于1999—2012期间连载的同名漫画改编。

　　一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？