《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
妹妹黎夏月被困游戏，为了救出妹妹，黎冬阳毅然登入危机四伏的游戏中，并在绝境中和被打落神坛的氪金系统AI女神莉露签订契约，得到只有他一人能使用的氪金开挂金手指，踏上一路过关斩将，夺宝敛财，拯救妹妹，挑战神明的道路。
