《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
阴、阳离子光球被一支神秘的狼族小队盗走，危机的矛头直指古古怪界。羊狼们追到古古怪界，发现潇洒哥与黑大帅也被抓去古古怪界之下的地心世界。为救双蛋，羊狼们义无反顾地向着地心世界出发。在地心世界的层层冒险中，羊狼们结识不同的探险者，对抗未知的怪物，闯过神秘的险境。经历无数次明争暗斗，羊狼们击败狼族小队救下双蛋，同时也揭穿了黑心皮蛋加工场的阴谋……
上天入地，岂有对手？天辰神王陨落，魂穿至废柴弟子身上。神王携众弟子与小弟们从废墟中奋起，不畏强权、战天斗地，开始自我救赎。神王发出霸气的最强音：待我回归九霄，必以神血开苍天！
哈帝星总部作为宇宙和平的守卫者，得知宇宙盗贼团伙又有了新动作，他们偷盗文明，转化能量，似乎在策划一场惊天阴谋！盗贼团伙的恶行使许多星球文明消失甚至毁灭，如今他们的魔爪已经伸向地球，于是派遣了守卫小分队——V5战队来保卫地球文明。
墨然是一名普普通通的学生，一天他突然发现身体里面出现了另一个灵魂，他也因此拥有了非比寻常的力量。
