神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
多年前，野心勃勃、一心想统治宇宙的黑暗大帝危害环境、破坏和平，宇宙盟主北斗星王为了阻止他，在经过一番激烈的宇宙大战后，终把黑暗大帝冰封于地球极地冰岩之下，使他与世隔绝。为了防止黑暗大帝破解封印，在冰封黑暗大帝之后，北斗星王在地球高僧的指引下发现了地球六只神兽，用北斗星能量和技术制造了六只神兽金刚，并把他的儿子麒麟王和他的守护精灵小精灵留守在地球上。这六只神兽金刚分别是麒麟金刚、青龙金刚、白虎金刚、玄武金刚、朱雀金刚和鹰龙金刚。只有六位超异能的小孩才能驾驭这六件神兽金刚。
若干年前，号称城市三大高手之一的龙泽所率领的团队败给了利用阴谋取胜的泰坦。今天，为了能够打败不可一世的泰坦，龙泽的孩子龙然龙襄姐弟踏上了集合伙伴的征程。两人寻找当年的前辈和现在的强者，克服各种困难请他们回归和进入。之后，在战国博士的强力训练下，龙然与伙伴们得到了巨大的提升。与兽神队战斗并成为战友，最后，在与泰坦的战斗中，历经各种困难考验，取得最终的胜利。
赵放带着游戏系统来到了异世界，发现自己是一个被废了武功的废物少爷，身边只有一名侍女跟随。面对困境，赵放反而觉得展现自己的时机到了。拥有资深游戏经验的赵放，成功找到了系统BUG，拼命刷等级，历尽艰险，进入无数秘境，完成各种系统安排的任务……
从小在森林长大的主人公阿呜，在回归城市生活后，因为难以适应而产生了许多烦恼。这时，两位拥有超能力的老朋友——浣影和蓝方包出现了，可他们并非来帮助阿呜适应城市生活，而是给阿呜带来了守护城市的使命。原来，一只小老鼠凭借着超凡的智力制造出巨型的怪兽，正在城市中到处抢占食物和资源，为了城市的安全，阿呜义无反顾地接受使命，变身成铠兽超人，教训捣乱的怪兽。在与怪兽的对战中，阿呜经历了无数的磨炼与考验，而这些经历使得阿呜慢慢成长起来，总有一天，他会适应城市生活并成为优秀的城市守护者。
