神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
神遗大陆，百族争锋，武者为王。姜云曾是皇城天一武府武首，不想被夜天邪废掉武脉，天才变废人，不屈命运时，意外觉醒剑魂骨，在剑道之主剑妙禅的帮助下觉醒万古剑脉，成为凡尘域唯一的超凡剑修。原本打算潜心修行以便早日手刃仇人的姜云，被妻子的青梅竹马凌少风盯上，凌少风联合多个势力对付姜云，姜云为护妻子及唐家周全，奋力抵抗，最后不仅全面瓦解凌少风等恶势力，更揭开灵域企图侵占神遗大陆、灭掉人族的阴谋。为了人族的命运，姜云不得不暂时放下仇恨，与伙伴们携手抵抗灵域的攻击，共同拯救神遗大陆与保护人族。
三年级小学生旋风刚转学，来到新城市，发现这里的人都非常沉迷陀螺竞技，并人手都有名为斗魂仪的陀螺竞技系统。有一天，旋风意外得到了一个魔幻陀螺，并发现了其中有生命的斗兽魂焰天火龙王。在陀螺竞技的过程中，旋风发现了陀螺制作公司的阴谋，并认识了左影、卡隆等魔幻陀螺手。为调查创幻公司背后的阴谋，旋风决定和伙伴们一起参加魔幻陀螺战榜巅峰赛；同时，一个神秘的面具人出现了，四处控制魔幻陀螺手，收集魂力值，意图觉醒超级斗兽魂。究竟谁是面具人，旋风和小伙伴们能不能冲击上榜，又能不能打破创幻公司的阴谋。
星猫从大力猫请来的前辈们那里获得了无数的知识，前辈们期待他能运用这些知识打败破坏宇宙和平的坏蛋。星猫和失散的小伙伴们努力克服困难终于团聚，可是城市却遭遇了冰冻，居民们也受到坏人们的威胁，相遇的小伙伴们联合在一起，携手打败了坏蛋，解救了大家。
在一个充满明媚阳光的南方海岛上座落着一座美丽的蔬菜城市，在这座城市的郊区有一个富饶而神奇的蔬菜园。蔬菜园里有几个蔬菜精灵，他们是小白菜精灵——小翠、胡萝卜精灵——萝卜胡、南瓜精灵——南瓜尺、红辣椒精灵——红尖椒、茄子精灵——紫莹莹，他们快乐的生活在蔬菜园里。
