神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
不死少年陆沉身陷混沌域绝地百万年，只能依托庞大魂力以神识游历诸天万界，但每次游历之后都会陷入长久的沉睡中。历经无数年的暗中布局，改变命数轮回，终于在又一次苏醒后，于神魔墓园脱困而出，如龙入海。时过境迁，昔日被迫收下的徒弟竟成了修为通天的大帝，好心收养的小女孩已成为镇压一界的仙子，就连随手捡的一只癞皮狗，也已成为一宗之祖。诸天万界，天地为局，众生为子，对抗十二苍天，一切都在他谋划百万载的旷世奇局之中！
普通大学生封夕在机缘巧合之下，与自己心仪已久的女神校花苏九儿结识，却不料女神的真实身份竟然是九尾狐！
一群来自上海市的孩子们到美丽的新疆参加暑期夏令营，被一个疯癫男子运用降魔圈带入到神奇的魔兽时代，原来，在未来的2090年，地球将会被魔兽统治，要想改变这一结局，疯癫男子必须在现在的时间里找到能够打败魔兽的圣使，而这个圣使就在这群孩子里。童未未就是那个圣使。这群孩子们和当地的孩子们一起，穿梭于时空中，和不同年代不同地点的人们沟通接触，在野人部落里救治了患病的小孩，在神奇的楼兰打败了凶猛的魔兽，通过一次次魔蛋的战斗，收复魔兽，运用智慧和魔兽使者周旋，最终，魔界使者告诉孩子们，毁灭地球的不是魔兽，而是人类的自私和贪欲，地球能源消耗过度，人类好战和自相残杀，只有人类找到人类最纯真的爱的力量。
在一座名为海湾城的超级大都市里，少年炽焰与同班同学小星、美琪无意中发现校园竟然存在着神秘的社团，同时目睹高年级学生深蓝、铁拳和小雪追逐着一头小恐龙，好奇心促使炽焰三人去寻找答案，无意中发现了时空裂缝及其带来的一连串惊天秘密，随之校园及城市陆续陷入了混乱危机。炽焰、深蓝、美琪、小星、铁拳这五个性格各异的少年组建了钢铁飞龙战队，开始了磕磕碰碰又惊险刺激的冒险旅途……
半月关之事告一段落，谢怜受神武大帝君吾的传唤回天庭述职，却意外得知有神官在鬼市附近施法求救。而鬼市如今的主人“血雨探花”花城，正是七日前突然辞别的红衣少年三郎。此事疑点重重，谢怜自愿请命，与风师青玄、东方武神郎千秋一同秘访鬼市探查真相……
