神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
拥有多个灵魂的人，便可获得分解之力，感受到这个世界的实质，理解、掌握并且改变规则，为所欲为，连整个世界都被他们分解重组。面目全非的地球上，分解者站于食物链的顶端。“他”本该是其中之一，却选择了对抗，以最强分解者为目标，试图让世界回归原状，只为有机会能与所爱之人再次相拥。 上一季结尾，崛起者哈登、老K等人齐心协力击退了统治赫墨拉塔城的白昼女王。身体被分解的凯伦与TuP的克里曼均被情报贩子尼克带走，第一空间只留下艾琳和赫墨拉的女儿艾咪两人相依为命……而在第二空间，众多势力云集，那里又将掀起一场新的血雨腥风。
期末考结束后，零班成员除古月外在舞长空的提议下加入了唐门。回到东海城， 零班加入新成员许小言，正式成立了以唐舞麟为首的四人团队。为了即将到来 的天海联盟大比，舞长空对零班学员进行恶魔特训，正式开赛后，零班一路在 个人赛和团体赛披荆斩棘，但在和双胞胎对战的过程中，唐舞麟古月深受重伤， 零班不得不中途退赛。蛰伏三年后，零班学员在舞长空的带领下踏上前往史莱 克学员的路程。
宅博士的父亲宅再佳在勇敢之城探索时失踪，现场唯一留下的一副斗兽棋，也在与反派的争夺中被打散，并幻化成八只棋兽，分散在勇敢之城各个大陆。为了知道斗兽棋中隐藏的秘密，从而找到宅再佳的下落，超人们踏上了收服斗兽棋之旅。随着超人们的进一步调查，他们发现事情远没自己想的那么简单，一个更大的阴谋正逐步浮出水面。
五年前还是富家少爷的江北辰，因为一场阴谋，家里一朝落败。亲人，女友避之不及，纷纷离他而去。经过五年的金戈铁马，江北辰荣耀归来！伪装赘婿，扮猪吃虎！只为把当年那些六亲不认的人一个一个的踩在脚下，但是随着复仇却发现幕后黑手竟然......
