神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
主人公林初本是身世显赫的富家之子，但其父母却突然无故失踪，家族公司也被其父亲的前助理所强占，就连他从小住到大的别墅也被突然出现的所谓债主所霸占，于是他只能暂时去到位于郊区的林家老宅中居住。然而，来到林家老宅的林初，却奇异地发现老宅院落中的一座盆景中突然传来神秘的人声，接着他意外进入到了盆景之中，发现了被封印于盆景内的仙山以及仙人——玄清祖师。玄清祖师发觉林初身上有激发封印的能力，于是决定收其为徒，传授其修炼之法，以帮助自己冲破封印。与此同时，玄清祖师为了报答林初，也答应教授其一些技能，以助其调查其父母失踪事件背后的真相。林初同意了天玄祖师的要求，自此踏上了修炼之路！
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NPC收玩家当小弟
赵放带着游戏系统来到了异世界，发现自己是一个被废了武功的废物少爷，身边只有一名侍女跟随。面对困境，赵放反而觉得展现自己的时机到了。拥有资深游戏经验的赵放，成功找到了系统BUG，拼命刷等级，历尽艰险，进入无数秘境，完成各种系统安排的任务……
铁拳虎失去超星核后，丧失了所有人工智能的能力，沦为普通小宠物。没有超星核能源的支撑，铁拳虎生命迹象逐渐流逝。然而更让大家担心的是，铁拳虎体内的虚空次元会因断电而造成空间稳定器失效，恐怕到时候整个世界都会被虚空次元吸掉。迷糊博士启动了咕咚店底下的宇宙飞船，猪猪侠为铁拳虎接上备用能源，勉强维持基本机能运作。而另一边星际超好玩联盟主席普利斯，颁布宇宙命令，将猪猪侠等人通通驱逐到宇宙边界，永远不得踏入任何星球。迷糊博士只好带着大家撤离童话星球，展开一段拯救铁拳虎的星际旅行。
猪猪侠在一次怪兽侵袭事件中，阴差阳错激活了迷糊老师祖传的五灵锁，将五灵王转换成了能量，使自己获得了变身成铁拳虎、神木猿、冰封鹿、火焰鹤与石甲熊的超凡能力。
