神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
该片讲述生活在仙灵大陆的小天，一直梦想着能和仙人的后裔一样，成为拥有灵兽的超级仙灵师。有一天，在机缘巧合之下，小天和上古灵兽玉骐麟相遇，二人成为好朋友，相约一起闯荡江湖，参加仙灵大赛。在旅途中，他们不断战斗并收服了各种各样的奇异灵兽，也认识了凤儿、龙马等仙灵师伙伴，大家为了各自的目标而努力着，而小天和玉骐麟，也渐渐发现了自己的真正使命。
一代剑道天帝，入轮回转世重生，修上古之法，锻肉身天地，打破神族桎梏，斩碎欺世阴谋！
秦灭汉起，百废待兴。诸子隐世，氏族势行。驱车逐鹿，弱肉何争？同心携力，主臣兼行。天命赐异，源于甘星，施于阴阳，异于静动。静者天行，缓而止争；动者袍泽，速若雷霆。捕星之计，谋策之心。甘星入世，衍造异人。奸者祸国，忠者祸身，道貌离合，莫再成臣。离经叛道，天下重分。采薇采薇，复始如周，采薇采薇，复始若秦。
身患绝症的年轻人李长寿，意外重生在封神大战之前的上古时代，成了一个炼气士。为了修得长生不老且能在残酷的洪荒安身立命，他低调行事，凡事谋而后动，从不轻易步入危险之中，藏底牌，修遁术，炼丹毒，直到有一天，他的师傅突然给他收了个师妹回来，本想低调修行的李长寿被卷入了一场场冒险。不动稳如老狗，一动石破天惊，动后悄声走人，在打败邪恶敌人的同时，结交志同道合的朋友，实现自己的人生价值。
大楚皇帝楚渊18岁登基，硝烟四起，内外皆患，而朝中大臣只想看皇帝最后如何收场。千里之外西南王段白月率军大杀四方，不出半年便平定内乱。外人以为他们是相互敌对的状态，却未料两人在这四面楚歌的战乱中，执手仗剑，共护河山！
三千年前孙悟空带领天兵天将把无底洞里所有妖精都抓走了，夹在石头缝里的小精灵灰豆（纪元 配音）被留了下来。好多年后从石头缝里蹦了出来的灰豆把眼都夹歪了。灰豆认识到祖先做了很多坏事，它要脱胎换骨做个好心肠的孩子。它与会三十二变的猪八戒的尾巴胖胖（张美绢 配音）相遇相识。大嘴怪要吃小兔子，为救小兔子，灰豆和胖胖把大嘴怪打跑了，被救的小兔子看见灰豆却喊着坏妖精吓的跑掉了。胖胖鼓励不被理解而伤心的灰豆，只要坚持做好事，总有一天会被理解的。大嘴怪把月亮弄脏了，灰豆冒着生命危险才把月亮洗干净。一次灰豆和胖胖在水下发现了小金龙没眼睛，因同情小金龙，它给小金龙点上了眼睛，可自己眼歪，把人家的眼也给点歪了。虽然常被误会不被理解,今后灰豆还是会继续和胖胖这个好朋友一直为大家做很多好事情......
