神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
叽歪老表是一对永不消停的“虫兄虫弟”。表哥大叽是来自北方“南漂”的瓢虫，天性憨直傻楞，但却好运爆棚，遇事总能逢凶化吉。表弟小歪是在南方本地生活的潮虫，满脑子都是精明算计的歪脑筋鬼主意，但却总是搬起石头砸自己的脚。两兄弟混迹在游乐园旁的草地，遭遇了形形色色的人和事，开始了他们不停作妖捣蛋的爆笑日常。
猪猪侠和阿五为了打造全宇宙最受欢迎的恐龙博物馆，一次次前往恐龙世界进行调查。调查过程往往艰辛而滑稽，恐龙总会展现出不为人知的一面，令他们陷入困境。但猪猪侠和阿五总能找到应对之法，最终完成任务。本片旨在通过寓教于乐的方式，让孩子们获得恐龙知识的同时，拥有猪猪侠一样解决问题的勇气和毅力。
虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了。
在古老的香都王国，意大利旅行家马可-波罗告别可汗，准备返回自己的家乡。为维护友谊，可汗欲将充满神奇力量的魔法金币送给他。不料，对王位垂涎已久的大臣福林却寻机偷走金币，随后便隐匿无踪。可汗得知真相后，将自己随身携带的金币一分为二，送给老马可。凭借这半枚金币，他们的后人可以穿梭时空。一旦两家人相聚，金币便可重获魔力。 时光飞逝，老马可的后裔小马可已经长成英俊青年。他佩戴祖传的半枚金币，历尽艰难险阻，来到香都王国。在海鸥瑞杰等朋友的帮助下，小马可终于揭开金币之谜，并从福林手中夺回了被窃走的金币，救出了可爱的荷花公主。但福林却再次出现，派出秃鹫赖古再次抢走了荷花公主手中的金币。为了伸张正义，惩处恶魔，小马可又踏上了征程……
