神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
龙崎、雷欧、鲁凯等一批少年，因为在逆境商、情绪智商、智力商等各方面的能力都比常人优胜，被誉为奇博少年，故事由他们的经历展开。龙崎、雷欧、鲁凯是同班同学，也是好朋友，因为一次小误会，互不相让，不欢而散。就在他们三人势如水火之际，一个巨大危机出现了。为了化解这一危机，三人合力，分别将各自的奇博能量传递给飞爵、雷凌、蓝瑟三个机械人共同对抗困难。 他们三人为了参加“全国魔方大赛”一起努力，互相扶持，克服重重困难最终在世界级的赛场上展示自己的技术，誓要以一场公平公正的比赛，争夺魔方界的最高殊荣。
在一座因为发展秘密科技所以被毁灭的城市里，埋藏着可以让死人复活，让活人永生的巨大力量。这力量诱惑着一群又一群无法对命运释怀的人来到这座城市。他们或厮杀，或沉沦，或终其一生追寻已经触不可及的安宁。那力量则静静看着他们，并默默从中挑选自己的主人。被它选中的人，将决定这座城市外所有人类的命运。
拔出天道之剑的沈剑心信心满满，下山重回江湖。而此时的中原武林正面临着前所未有的危机。沈剑心因身负胎气原力和天道之剑，临危受命进入航海世界，卷入了层层阴谋之中。在沈剑心一行人的旅途中，意外接连不断地发生，神秘人物的身份也逐步揭晓……
