神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
七年前，凡人太子厉寒一家被七个仙人所杀，奄奄一息之际，他和妹妹厉瑶被传说中的无尽神域所救。七年后，厉寒归来，为了唤醒妹妹，他必须按神域要求不断提升修为守护苍生，与此同时他也誓要找到当年的凶手，报仇雪恨！但事情远比他想象的要复杂，随着真相一点点被揭露，厉寒必须要在报仇和报恩之间做出抉择……
少年秦阳资质斐然，拥有令人艳羡的修炼神器“星门”，奈何这份幸运却在一夕间被人夺走。濒死时，秦阳体内尘封至宝“封神珠”开启，自此恢复前九世记忆，获得新生。同时，家族陷入前所未有的危机，面对重重考验，秦阳独当一面，凭借前九世积攒的经验和阅历，一次次突破困境。岂料，阴谋家们依然步步紧逼，为了守护珍视之人，秦阳选择抗争到底。
在人类生活的世界里，存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古。纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成，他们将人类世界称之为“大方块”。10岁的小学生包小龙，大方块的一名小学生，然而他天生就有点不同，常常把老鼠、蟑螂等动物们看成可爱的小精灵。小龙的异常得不到家人的理解，更被同学和小伙伴们排斥。有一天，一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里，他开始听得到小精灵们的心声。精灵们不断涌现，惊呼小龙就是“那个人”黄金龙的精灵师。正当小龙迷惑不解时，他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信。
少年林动为寻吞噬祖符下落，深入大荒古碑，不断潜心修炼，终于迎来族比之战… 面对将父亲打成废人、对自己痛下狠手的对手林氏天才林琅天，林动心中屈辱难平，亟待雪耻逆袭！
遥远的古灵星被毁灭，幸存的三位超人来到星星球向开心超人求救。以开心超人为首的五位超人为维护宇宙的正义，决定寻找古灵星毁灭的原因。当开心超人追查古灵星毁灭的线索时，却发现多了两个神秘的反派——月舞、星影，阻止他们的追查行动，而且月舞星影背后居然还有更大的势力。他们下一个毁灭的目标就是星星球。
